EsuBft1742_2a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft1742_2a-0001
Unique Name	EsuBft1742_2a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_242	contig	Scaffold_242:910936..927450 -

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
ProteomeId	EsuBft1742_2
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	1
Length	1363
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1742_2a	EsuBft1742_2a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_242 910936..927450 -

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1742_2a-0001	EsuBft1742_2	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_242 926756..926905 -

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-exon-73585	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 910936..911788 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-exon-73587	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 912083..912243 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-exon-73584	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 912545..912605 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-exon-73586	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 912847..912942 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-exon-73590	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 913242..913599 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-exon-73583	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 914019..914144 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	EsuBft1742_2a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 914612..914717 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-exon-73588	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 915055..915161 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-exon-73589	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 915688..927450 -

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6096	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 910936..911788 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6097	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 912083..912243 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6098	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 912545..912605 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6099	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 912847..912942 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6100	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 913242..913599 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6101	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 914019..914144 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6102	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 914612..914717 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6103	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 915055..915161 -
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-three_prime_utr-6104	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 915688..926755 -

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1742_2a-0001-cds	EsuBft1742_2a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_242 926756..926905 -

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1742_2a-0001-exon	agat-five_prime_utr-3985	Ectocarpus subulatus male Bft15b	five_prime_UTR	Scaffold_242 926906..927450 -

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_242:910936..927450-
coding sequence from alignment at Scaffold_242:910936..927450-

spliced messenger RNA

>EsuBft1742_2a-0001 ID=EsuBft1742_2a-0001|Name=EsuBft1742_2a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=13631bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:910936..927450- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
TGGTGCCTGTATGTAAATGCAAGCTTTCAACTTCATCTGTGTCTATCTCT
TGATTCCCGCGATCAGTCAAGTTCAACTCTTCTGAAATTTACTCTATGGT
ACTCAGTCCATCTTCCCTCAATTTTTTGTGGCGATTGATGCTGTAGTGGG
CGCGTTCTTGTGCTTGGTCGCTTTGGCGGGTGCACAGCAGGGTGGTTGCG
CCGCGTAGATACGAGTCTCACATTTTTTTAGGGGAGGGGCTGCGTGTTGC
GCCGACAAGTTTGAAGCCTACAGTGGACGGAATTTGCCAAATCTTGGTTC
CCTAGATAGCTACTGGCATAGTCTACTGCTGTAAGCCTTTAGCCTTCGGT
GGATGTACGCCAGTCGCGCTGCTAATCTGTGTAAAACGATATTTTTTGTT
CCTCCGCTTACTTTTTTTTTTTTTCTGCCGTGCAGCACTGAGTCTGCTGC
CGAAAAGAGCCGAAAAGGGGGCTCCGCCCACAATAAGTGTAGAGAGGTGC
ACAGCACAGCAAGCAGTGGTACTACATCGTCTAGGAACGAGCGCGATGTG
TTACTGGTCCCGTGCTGTGATGTATGTGTGCCTCTCTCCAGAGCAGAGNN
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NNNNNNNNACCAAACGTTCCCCGCTTCCTCCGCCGTCGCCAACAGCAGTA
TGTGTGTGTGTCCCGCCCCCCTTGTCCATGTTCCCTGTCTCTGTGTAGTG
CGTGTCTTGCCAGTAGCAGCAGCAAGCCGTGTGTGCAGCACGGCAGTGCT
TCGTGGTTTCTTGCGTGCGTGTAGTTTGTTGCCCAACAAAATACAAAAAT
GACGCCTCCCGGCCGAGAAGTCGGGGATGCGTCCATGTGACATATATTTG
CACAAACGGTGTGCTATCTCGAGACACCGACCACGGATTGCAAAGGTAAC
GGTTGGGACAGCTCGGGCAAAATGTTACTTGATGTGCGCAAGTTTTAGTT
TGCATGGTGCCGAGATGGTGAAATGGGCTCGAGTCTGCTGGGTTATTTAG
GGCGCGCAGAAAGACAGACAAACAGCCATTCATTGCGAAATTTTCATGAA
AAATTATTCTTTTTCTCGTGCGCACATACTCCACACACGATCCCTCTAAA
CAGCTTTGTATTTGCAAAACAAAAAGCGTACCCCTAAACGGGTCACACTT
TTCCCAAAAAAAAACTATTTTATGAACAGCTTTATTTTCGCAAAACAAAA
AGCGTACCCCTAAACGGGCCACTCTTTTCGCAAAAGAAAAACTATTAAAA
TTTCAAATATTATTGCGTTCCTGGAAAAACCACAAATAAATTTCACTCGC
ATCTTCGCAAGCTGTTTTCGAAATCAAATTTTGATCTCATCTCGAATTTC
CTGGCAACTTCGAAGATGCAATCCCAACACCAGTCAGCAAACACCCTAAT
GCTGAAGCTTTTGCTGTTCTGCGCTGTGGAAGTTCCTCCGCGGGAGAAGA
TAAAACAAAAGCCGTTTGGCACGAACATATGCATACAAAATCAATCGAAC
ACGCCCCAAGTCTCCTTGGTCCGTCCCGATTACAGCTTGCTCCGTTCATC
GCCACGTCCTCCAGCTGGACAACGAAGGTCGTAGCACCACTACTTTGGGG
ATGGGCTCTGCGTTCAGGGGGCTCTCACAGCGCAGAACAACACGGCAGCT
TCGCAAACAATGTGCATCCGTGCTGTGCGCCCCCTTGTTCCAATCAGCGC
ACCCACCGCTTCCAAGACCCACTACCGGCATTTTAGGAGTAAGCCTACTT
CAGTAAGCGGTCGAGGGGTCGCAACCTTCCCATACCCACTACAGGCACTC
TGGGAGGACGCCTACTTCAGTGGAAGGTTGAGGGATCGCAGCCTTTTTCG
AGCAGGTCTCTTGCGTGCACCGCAAATTGGAAGTCTACTTTTTTTCAACA
ATGGAACCAACAAACTCTCAGTTCCAAACACGGGTTGTCTTCGTCATCGC
GCTTTGTATGGGGATTCAATCTTACACGTGCGTCAGCCCTTACCCGTACT
TGGGGATGATGGTGAAGGAGCTAATGGGGTTGCAATCCACCAACGGATCC
GGTAAGACTCTCGGTGTAGGGCGTACGGCTGCTCTGCGTTCCGCTGTCTG
CAACCTAGAGGCTTTCGCGACAGCGGGCGATATGGCTCATCCCATCGGTT
GGCGGAAATTTTTTGAGTCTGTTTCCAGTCTAGCTTGTGCCTCGCTTCAC
TTACTTGATTGTAGTCAGACGTCGTTGCTGGTCACCTGCAGCATGTGATA
TGGCCAATGCCTTCGCCAACTGCAGGGTGTATGTAACGTTTGTGACGGGA
TAGCAACATACATTACGCCACTTGTCTGATACCGATCAAGGCTCCTTCAC
CGTTTTTTTCGGGGCATCCTTTCGCGTAGGCTATAGTCTACACCACGTGC
AAGACGCACCATACTGCTGTATGTACCCTGTGCTATTGACTCTCCCTACA
GCAGTTCCTTGAATAGAGCAGCAGATTCTCCAGCGGTTACTACCCAGCAG
GTTTCCGTGCGCTGTGGGTTGTTCACCGATGCGTGAAAGCGCTGGCCTGC
CCATCCCACTGAGGGTAGGATTCAACCGCATCAGTCTACATACTTCGCTC
AAGTTGCACTCTATATTCTGTACGGTTTAGGATAGGTTTGCATGTGTGGG
CTGCTTTTTTGTGTGTAGTGCATGTTGATTTTAAGACTTCCGCGTTGTGG
CCTTTCGACAGGGTTCAGGGTTTGCCGCCATCCCCTCTGACTTACACCCG
GGGAGGGATGCTGGTTTTTCGTGAAAGCGCAGCCCCGTCCGAACGAAAAA
CGGGAAGAGGTCCGCTTCCCAGAATTTGACCGCTTCACGTTGGGAGGATC
TCATCTTAGTGTATCTACCTCGGGGGGAAATCCAGAAAGGGGGTGGATGT
TATCTTTTTCCAAAAAACGATCCCCTCATGGCTTAAAACAGAGTTTTTTG
CTTCCCGGCCGAGAAGGTCAGGGCGGGGGGTGAGGGGCGGCAAAATAGAG
GGGGTATGGGTAGATGCCAGACGTTGGAATGAGCCACCCCTAGAGACAGC
ACGAAATAGCAGCCGTCAAAAACCGATCCGGGAAAATCCTGAACGTTCCT
GGAAACCGTTCGCAGACACCTATAGCGCACGGCCAGGGACGACTCCGACA
AAACACAAAATTCGTCGCTAGAGTAGGTTGTCAACGGTGAAAAACGCATC
TTCAGGGTTTTGGAGTTTGGCGACACTCCCTCTCTGTGTTGTTTTATCGC
CTACCTCAACCTTTCCAGCACCAATCGAAGCCCAGGCTCACCTGGAGAGG
GAACTGATACGCGACTGTCTTCTTCGGAGAGGAGCAACTCTGAAGGATGC
TAACCAACTCCGGGCATAATTTTCCGCAGGCTATTATGCGGGCTTTGTTG
GTGGTGCCTTGGGATTTGGCCGATTCTTAAGCGCGTACGTGTGGGGATAC
ATCTCTGATTCCTACGGGCGCAAGCCCGCGATCGCCATTGGGTTAGCGGC
GACCGCCACTCTCTCAGTAGCGTTCGGAGTGTCCACCACGCTTGCTTTCG
CCGTTGCTTTCAGGTTCGCCCTCGGGCTGCTAAACGGAGGCATTACGCCC
GCCATCAGGGTTGGTATCCGTGACATCTGTGGAGAGAGGCACGTGGAAGA
AGCGATGGCCTACGTTGACGGAGCGAGGGCTGTCGGGATCGTACTTGGTT
CGGCTTTGGGCGGGGTCCTGGCGCAGCCTGCGAAACATTATCCAGGAACA
TTCTCGGCCACGGGTCTTCTCGGGACGTATCCGTTTCTCCTCCCGAACTT
GTTTGGCGCGGGATTTTCGCTTCTGGTACTGGTTCTATTTGTGTTATATG
TTCCTGAGACTATCGACTTGGAGAAAGAGTCCTCACGGGCGGAACTTGGA
AGCCCTTGGAGCCGCGACGTCGCGACCCTGGCCTTGCCTTCTTCCGAGGA
ATATTCTCCACGGGATCATCCGCAAAACGCCCACCGCCCATTGAAGGGGA
GCGGGAAGGAAGGCAGATTGGTGCCGGGTTATGTGGCCTTGGAGGACAGC
AAAGATGAGCGAGACGACCGTGCAATAAACCAAGATGACCAACAAGGCCT
TGCCGACGATGACGGCGGGGAAAACGGCGGGGGAATCGATGGTGGTGGCT
CGTTGGCGTCATCAGTGGACGACAACGAAGACCCCGGTCTATTCGGCCCG
AGCGGTTTGCTCTCCATGCCCAAAGTTGCGGCTCTCCTTTTCCTCGTGTG
GGTTGCGCAGTCGCTGGTCACCGGATTCGAAGAGGTTTACCCTCTGTGGG
CTCTCTCTACCGCGGGTGTCGGAGGGCTAGAATGGAGCACTCTGCAGATT
GGGAAGGCCCTGGGCGTGACGGGTTTTCTTGTGGTTTTGCTGACGCTCTT
CATCATTCCGGTCGTCGTGAGGGTTCTGGGGGCTGCTTGGTGGATGCGGG
GATGCAGCGTTGTAGGTGTTCTGGTCTTCCTCGCCACCCCGAACGCCAAA
CTTCTGAGCTGGAACTATGGCACGCTTTTCGCGATGTCGGTCACGAGTAA
TACTCTCATAAGCTGTTGCTTGGCAGCGATGTTTATTGCGCTATCGGTGG
CTTCGACCAACATCGTACCAGCCGCAATGCGTGGGAAGCTCGGCGGGCTT
TTCTATACCGCGGAAAGCCTGGGCCGCTTCTCTTCCGCCGCATCCTTCTC
GGTCATGTACGCCTGGTCGGTGTCTTCATCCAGCTACGGCTGGGTCGACC
ACCACTTTGTTTTCTACGTCTTCGCTCTGGCATTGGCAATAGCGACGGCG
TTGGCATGGCGCACACTTACCGCGGAAATGTTCTTGGAGCGCAAAGAAGC
AGGAAGTGTTGAGCTCGTCGGGAGTGAGGACACCTGTGCCCATGTTGACA
TCAATGTAGGCGAGAGCGAGGATATCCCCTATTCCCGGCCTGCGGGAGAG
GTAAACTTGGTATAATTTACTAGGACGTGTTGATTGTGTTCAATGCGAAT
GTTCCTGGTCCTTTGGATACCTGTTGTCACGCTTATTTATATTGTGTAAG
CTTTCTGCCCGTTTAGGCCCAAGGTCAGAGTTTTAGGAGAATGAGGAGCT
CCCTCCCCAATTTCCCCCGATTTTTACCACAATCGGAAATGACCCGCCCA
GAATTCAATGCTGTACATAATCGGGCGACAAAATGATCACTGGTTTTGAC
TGTTCGTAAACGTTCATGGTGGATCGTTTTCGGTCAAAATAGGGGAAGGC
GAGCCGATTATGACAAGTCGTGACCGGTCATGAAGAGCAGTTAATTGCCA
GTCATGACCAGCCATGACCGAATTCGTGATGACAGTGTTGTGACTGGTTC
TGACATTTCACGACTCTGAATGACCCATCGTGACCGTTCGAAATCCATCA
AATAAATGTGTGTGTTTTTCAGACTTATGAC

protein sequence of EsuBft1742_2a-0001

>EsuBft1742_2 ID=EsuBft1742_2|Name=EsuBft1742_2a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=50bp
MCYWSRAVMYVCLSPEQXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

mRNA from alignment at Scaffold_242:910936..927450-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft1742_2a-0001 ID=EsuBft1742_2a-0001|Name=EsuBft1742_2a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=16515bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:910936..927450- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
TGGTGCCTGTATGTAAATGCAAGCTTTCAACTTCATCTGTGTCTATCTCT
TGATTCCCGCGATCAGTCAAGTTCAACTCTTCTGAAATTTACTCTATGGT
ACTCAGTCCATCTTCCCTCAATTTTTTGTGGCGATTGATGCTGTAGTGGG
CGCGTTCTTGTGCTTGGTCGCTTTGGCGGGTGCACAGCAGGGTGGTTGCG
CCGCGTAGATACGAGTCTCACATTTTTTTAGGGGAGGGGCTGCGTGTTGC
GCCGACAAGTTTGAAGCCTACAGTGGACGGAATTTGCCAAATCTTGGTTC
CCTAGATAGCTACTGGCATAGTCTACTGCTGTAAGCCTTTAGCCTTCGGT
GGATGTACGCCAGTCGCGCTGCTAATCTGTGTAAAACGATATTTTTTGTT
CCTCCGCTTACTTTTTTTTTTTTTCTGCCGTGCAGCACTGAGTCTGCTGC
CGAAAAGAGCCGAAAAGGGGGCTCCGCCCACAATAAGTGTAGAGAGGTGC
ACAGCACAGCAAGCAGTGGTACTACATCGTCTAGGAACGAGCGCGATGTG
TTACTGGTCCCGTGCTGTGATGTATGTGTGCCTCTCTCCAGAGCAGAGNN
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CGAGGATATCCCCTATTCCCGGCCTGCGGGAGAGGTAAACTTGGTATAAT
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ATACCTGTTGTCACGCTTATTTATATTGTGTAAGCTTTCTGCCCGTTTAG
GCCCAAGGTCAGAGTTTTAGGAGAATGAGGAGCTCCCTCCCCAATTTCCC
CCGATTTTTACCACAATCGGAAATGACCCGCCCAGAATTCAATGCTGTAC
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TGGTGGATCGTTTTCGGTCAAAATAGGGGAAGGCGAGCCGATTATGACAA
GTCGTGACCGGTCATGAAGAGCAGTTAATTGCCAGTCATGACCAGCCATG
ACCGAATTCGTGATGACAGTGTTGTGACTGGTTCTGACATTTCACGACTC
TGAATGACCCATCGTGACCGTTCGAAATCCATCAAATAAATGTGTGTGTT
TTTCAGACTTATGAC

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_242:910936..927450-

>EsuBft1742_2a-0001 ID=EsuBft1742_2a-0001|Name=EsuBft1742_2a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=150bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:910936..927450- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGTGTTACTGGTCCCGTGCTGTGATGTATGTGTGCCTCTCTCCAGAGCA
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