EsuBft1418_11a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft1418_11a-0001
Unique Name	EsuBft1418_11a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_242	contig	Scaffold_242:1207850..1214431 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
ProteomeId	EsuBft1418_11
Protein domains	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN
Protein domains	SIGNAL_PEPTIDE_N_REGION
Protein domains	SIGNAL_PEPTIDE_H_REGION
Protein domains	SIGNAL_PEPTIDE
Protein domains	SIGNAL_PEPTIDE_C_REGION
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	1
Length	658
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1418_11a	EsuBft1418_11a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_242 1207850..1214431 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1418_11a-0001-exon	EsuBft1418_11a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 1207850..1214431 +

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1418_11a-0001-exon	agat-five_prime_utr-2447	Ectocarpus subulatus male Bft15b	five_prime_UTR	Scaffold_242 1207850..1207950 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1418_11a-0001-cds	EsuBft1418_11a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_242 1207951..1208223 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1418_11a-0001-exon	agat-three_prime_utr-3717	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 1208224..1214431 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1418_11a-0001	EsuBft1418_11	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_242 1207951..1208223 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_242:1207850..1214431+
coding sequence from alignment at Scaffold_242:1207850..1214431+

spliced messenger RNA

>EsuBft1418_11a-0001 ID=EsuBft1418_11a-0001|Name=EsuBft1418_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=6582bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:1207850..1214431+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
TGGAGATCCCGATCACCAAGTCTCTCACTTCATGCCGCACACTTCTGCCA
CGATCGATCCTCCCTTCCTGGCATTACCCCCCATCGTCCCGCACGACGTA
GATGCCATTGCTCACGGTCGGATGGGCGCCGGGATGCCTTGCACCGGCGG
ACAACGCCCCGATGCCGCCGTCACCGCTGCCGTCGCTACTGTTGCCACCT
TCGTCGCCATGGCCCAACCAACAGCTATCCTCATCGCACTCGTCCTCCGG
CTCTTGCGCTGCTGACGCTTTAGCCGCAATTGCCTGCGTCCCAACCGGCT
CCCACACAGCCGCCGCGGGCAAGACTCTGCTGCCGGCGGTCGCCGCTCTC
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTCCGAGCGGCGAGTTTCCTCGCATCAA
TCCATCTCTGCAGAGCTCGGTTCTTGCCTGTGGTGTTTTGACGAGGAGGG
TGCAGCACTCCCTCCCCGCGGTGCCCGCGGTTGTCTCCCTTCTCCCGCGA
GCGGTGCTTGCTGACGTGGTGTTTACGAATCTCTCTACTCGTCCAGCTTT
GTGGGCCACGCTTTCCGCGACGGTGGTTGCGTGGTGCAGTTTGCCGCTTT
GCATTACTGCCGCGGGCACAGCGTCCATACACACCTCTCGCCACTACCAC
CGTCTGTGCATCCTCACCGCCACGCTGAGCCAGCGCGGCGGTGAGTTGCA
CCTTGGAACACCACCCGCCTACTATCTGTTGTGGCCTGGTTCGCCCGCGA
CGGACTCACTAGGTCGATTTCGGCCCCGGCCG

protein sequence of EsuBft1418_11a-0001

>EsuBft1418_11 ID=EsuBft1418_11|Name=EsuBft1418_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=91bp
MPLLTVGWAPGCLAPADNAPMPPSPLPSLLLPPSSPWPNQQLSSSHSSSG
SCAADALAAIACVPTGSHTAAAGKTLLPAVAALXXXXXXXX

mRNA from alignment at Scaffold_242:1207850..1214431+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft1418_11a-0001 ID=EsuBft1418_11a-0001|Name=EsuBft1418_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=6582bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:1207850..1214431+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
TGGAGATCCCGATCACCAAGTCTCTCACTTCATGCCGCACACTTCTGCCA
CGATCGATCCTCCCTTCCTGGCATTACCCCCCATCGTCCCGCACGACGTA
GATGCCATTGCTCACGGTCGGATGGGCGCCGGGATGCCTTGCACCGGCGG
ACAACGCCCCGATGCCGCCGTCACCGCTGCCGTCGCTACTGTTGCCACCT
TCGTCGCCATGGCCCAACCAACAGCTATCCTCATCGCACTCGTCCTCCGG
CTCTTGCGCTGCTGACGCTTTAGCCGCAATTGCCTGCGTCCCAACCGGCT
CCCACACAGCCGCCGCGGGCAAGACTCTGCTGCCGGCGGTCGCCGCTCTC
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TCCATCTCTGCAGAGCTCGGTTCTTGCCTGTGGTGTTTTGACGAGGAGGG
TGCAGCACTCCCTCCCCGCGGTGCCCGCGGTTGTCTCCCTTCTCCCGCGA
GCGGTGCTTGCTGACGTGGTGTTTACGAATCTCTCTACTCGTCCAGCTTT
GTGGGCCACGCTTTCCGCGACGGTGGTTGCGTGGTGCAGTTTGCCGCTTT
GCATTACTGCCGCGGGCACAGCGTCCATACACACCTCTCGCCACTACCAC
CGTCTGTGCATCCTCACCGCCACGCTGAGCCAGCGCGGCGGTGAGTTGCA
CCTTGGAACACCACCCGCCTACTATCTGTTGTGGCCTGGTTCGCCCGCGA
CGGACTCACTAGGTCGATTTCGGCCCCGGCCG

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_242:1207850..1214431+

>EsuBft1418_11a-0001 ID=EsuBft1418_11a-0001|Name=EsuBft1418_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=273bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:1207850..1214431+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGCCATTGCTCACGGTCGGATGGGCGCCGGGATGCCTTGCACCGGCGGA
CAACGCCCCGATGCCGCCGTCACCGCTGCCGTCGCTACTGTTGCCACCTT
CGTCGCCATGGCCCAACCAACAGCTATCCTCATCGCACTCGTCCTCCGGC
TCTTGCGCTGCTGACGCTTTAGCCGCAATTGCCTGCGTCCCAACCGGCTC
CCACACAGCCGCCGCGGGCAAGACTCTGCTGCCGGCGGTCGCCGCTCTCG
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN