EsuBft1067_4a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft1067_4a-0001
Unique Name	EsuBft1067_4a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_205	contig	Scaffold_205:309342..317071 -

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
ProteomeId	EsuBft1067_4
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	2
Length	630
Hectar predicted targeting category	no signal peptide or anchor
Date last modified	2016-06-13
Date creation	2016-06-13

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1067_4a	EsuBft1067_4a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_205 309342..317071 -

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-exon-43624	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_205 309342..314435 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-exon-43626	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_205 314774..314992 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-exon-43627	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_205 315212..315430 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-exon-43629	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_205 315650..315868 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-exon-43628	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_205 316088..316306 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-exon-43625	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_205 316526..316744 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	EsuBft1067_4a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_205 316956..317071 -

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-three_prime_utr-649	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_205 309342..314435 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-three_prime_utr-650	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_205 314774..314992 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-three_prime_utr-651	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_205 315212..315430 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-three_prime_utr-652	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_205 315650..315868 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-three_prime_utr-653	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_205 316088..316306 -
EsuBft1067_4a-0001-exon	agat-three_prime_utr-654	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_205 316526..316725 -

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1067_4a-0001-cds	EsuBft1067_4a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_205 316726..316744 -

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1067_4a-0001	EsuBft1067_4	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_205 316726..317071 -

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_205:309342..317071-
coding sequence from alignment at Scaffold_205:309342..317071-

spliced messenger RNA

>EsuBft1067_4a-0001 ID=EsuBft1067_4a-0001|Name=EsuBft1067_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=6305bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_205:309342..317071- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGTCCTTCCATCCTTCCCGTCTACA
CTACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTCCTCCTGCGCCTACA
CCACCACCGTCTACAGGTTTGTGGACCACATCTAGTTAGCTGTTCGTCAT
TGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGTGACCTGTCGTTGG
CTCTTTGATCTATTGATCTATGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGGCCT
TCCCTCGTTCACGTCCACACTACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCC
CCCTGCTCCTGCGCCTACACCAGCACCGACTACAGGTTTGTGGACCACAT
CTGTTTAGCTGTTCGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTA
GCTCGTGAAGTGTCGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTATGTTCCCAATG
GATCCAAACAACTTGGCCTTCCCTCGTTCACGTCCACACTACCCGTTGAT
GACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTGCTCCTGCGCCTACACCACCACCGACT
ACAGGTTTGTGGACCACATCTGTTTAGCTGTTCGTCATTGCCAGACAGCA
TCGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGTGACCTGTCGTTGGCTCTTTGATCTA
TTGATCTATGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGGCCTTCCCTCGTTCAC
GTCCACACTACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTGCTCCTGC
GCCTACACCACCACCGACTACAGGTTTGTGGACCACATCTGTTTAGCTGT
TCGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGTGACCTG
TCGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTATGTTCCCAATGGATCCAAACAAC
TTGGCCTTCCCTCGTTCACGTCCACACTACCCGTTGATGACCAGGCCCGA
CCGTGCCCCCTGCTCCTGCGCCTACACCACCACCGACTACAGGTTTGTGG
ACCACATCTGTTTAGCTGTTCGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTG
TGGATTAGCTCGTGACCTGTCGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTATGTT
CCCAATGGATCCAAACAACTTGTTTTTCCCTCGTTCCCGTGTACACCACC
CGTTGATGACCAGGCCCGACCGTCCCCCCTCCCTCTGCGCCTACACCAGT
ACCGACTCCAGGTGTATTAATGTCGCGTTGCTGTCGCTGGTGAGGGCACG
GTTTTTAATGTGCATCATGCTCAACATTCCGTATCACGTCCTTCTGTTGC
CCAAAATCTCACACCTTACCACGGCGGCAAGCTCCATGCCCGCACAAAGC
CAACCGACATTGTTTCGCTCACTTCCGGATTGTTGTTGCCGGAACCGTTC
GTGTAAACGGTTGTCGTCATCATGACAGTGACGACGCCCGCGCCGACTGC
TGATGAAACGACGCCACCCACTCCAGGTGACTCCGGCGTCCATGTTTGTC
TGTCAGCCGGGGACCCAGGACGCATGATGATTTGGGATTGGTGTTGGAAA
TGCGTGGATGGTTTGGTTGTCGTAGCGACCGGTACCGTGATGGTTTGGTC
AGTCACTTACGCGAGAGGACGCAGCTTAATGGTGCGATAAAGGATCCGAT
CAACGTACAACTGAATTCCAATCGCGCGACGGCGACCGCTTTGTTTGCGC
GTGTCCGATGTGTTGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGTACCGTGATGG
TTTGGTCAGTCACTTACGCGAGAGGACGCAGCTTAATGGTGCGATGCAGC
ATCGGATCCACGTTCACCTGAAATCAAATTGTGCGACGCCGACCGCCTTG
TGTTTCGCTTGTCCGATGTGTTGCTTTTCGAACCGCGCGTGTCGGTGAAC
GGTTGTCGTCATCATGACAGTGACGACGCCAGCGCCGACTGCTGATGTAA
CAACACCACCCACTCCAGGTGACTCCGGCGTCCATATTTGTCTGTTACCC
GGTGACCCAGGACGCATGATGATTTGGGATTGGTGTTGGAAATGCGTAGA
TAGTTTGGTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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TGACGACGCCAGCGCCGACTGCTGATGTAACAACGCCACCCACTCCAGGT
GACTCCGGCTTCCATGTTTGTCTGTCAGACGGTGATCTAACCCTCACGAT
GATTTGGGATTTGGTGTTGGAAATGCGTGGATAATTGGTTGGCGTAGCGA
CCGGTACCGTGATGGTTTGGTCGGCCACTACCACGAGAGGACGCAGGTGA
ATGGTGCGATGCAGCATCCGATCCACGTCCAACTGAGTCCGAATCGCGCG
ACGGCGACCGTTTTGCTTGCGCGTGTCCGATGTGTTGCTGTTGGAACCGC
GCGTGTGGGTGAACGGTTGTCGTCATCATGACAGTGACGACGCCAGCGCC
GACTG

protein sequence of EsuBft1067_4a-0001

>EsuBft1067_4 ID=EsuBft1067_4|Name=EsuBft1067_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=44bp
MFPMDPNNLSFHPSRLHYPLMTRPDRAPSSCAYTTTVYRFVDHI

mRNA from alignment at Scaffold_205:309342..317071-

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft1067_4a-0001 ID=EsuBft1067_4a-0001|Name=EsuBft1067_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=7730bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_205:309342..317071- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGTCCTTCCATCCTTCCCGTCTACA
CTACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTCCTCCTGCGCCTACA
CCACCACCGTCTACAGGTTTGTGGACCACAGCTAATTAACTGTTCGTCAT
CGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTTGCTTGTGACGTGTCGTTGG
CTCTTTGATCTAGATCCCCAATGGGTACAAACAACTTGGCCCTCCTTTGT
TCCTTTCTACACTAATCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTCCTC
CTGCGCCTACACCACCACCGACTACAGGTTTGTGGACCACATCTAGTTAG
CTGTTCGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGTGA
CCTGTCGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTATGTTCCCAATGGATCCAAA
CAACTTGGCCTTCCCTCGTTCACGTCCACACTACCCGTTGATGACCAGGC
CCGACCGTGCCCCCTGCTCCTGCGCCTACACCAGCACCGACTACAGGTTT
GTGGACCACATCTGTTTAGCTGTTCGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCA
AGTGTGGATTAGCTCGTGAAGTGTCGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTA
TGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGGCCTTCCCTCGTTCACGTCCACAC
TACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTGCTCCTGCGCCTACAC
CACCACCGACTACAGGTTTGTGGACCACATCTGTTTAGCTGTTCGTCATT
GCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGTGAAGTGTCGTTGGC
TCTTTGATCTATTGATCTATGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGGCCTT
CCCTCGTTCACGTCCACACTACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCC
CCTGCTCCTGCGCCTACACCACCACCGACTACAGGTTTGTGGACCACATC
TGTTTAGCTGTTCGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTAG
CTCGTGACCTGTCGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTATGTTCCCAATGG
ATCCAAACAACTTGGCCTTCCCTCGTTCACGTCCACACTACCCGTTGATG
ACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTGCTCCTGCGCCTACACCACCACCGACTA
CAGGTTTGTGGACCACATCTGTTTAGCTGTTCGTCATTGCCAGACAGCAT
CGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGTGACCTGTCGTTGGCTCTTTGATCTAT
TGATCTATGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGGCCTTCCCTCGTTCACG
TCCACACTACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTGCTCCTGCG
CCTACACCACCACCGACTACAGGTTTGTGGACCACATCTGTTTAGCTGTT
CGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGTGACCTGT
CGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTATGTTCCCAATGGATCCAAACAACT
TGGCCTTCCCTCGTTCACGTCCACACTACCCGTTGATGACCAGGCCCGAC
CGTGCCCCCTGCTCCTGCGCCTACACCACCACCGACTACAGGTTTGTGGA
CCACATCTGTTTAGCTGTTCGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGT
GGATTAGCTCGTGACCTGTCGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTATGTTC
CCAATGGATCCAAACAACTTGGCCTTCCCTCGTTCACGTCCACACTACCC
GTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTGCTCCTGCGCCTACACCACCA
CCGACTACAGGTTTGTGGACCACATCTGTTTAGCTGTTCGTCATTGCCAG
ACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGTGACCTGTCGTTGGCTCTTT
GATCTATTGATCTATGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGGCCTTCCCTC
GTTCACGTCCACACTACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTGC
TCCTGCGCCTACACCACCACCGACTACAGGTTTGTGGACCACATCTGTTT
AGCTGTTCGTCATTGCCAGACAGCATCGAAGCAAGTGTGGATTAGCTCGT
GACCTGTCGTTGGCTCTTTGATCTATTGATCTATGTTCCCAATGGATCCA
AACAACTTGTTTTTCCCTCGTTCCCGTGTACACCACCCGTTGATGACCAG
GCCCGACCGTCCCCCCTCCCTCTGCGCCTACACCAGTACCGACTCCAGGT
TGGTGGACCGCATGTCTAAGTGTTTGTCATCGTCGTATTGCGGCCAACGC
TTGGCATTGATCGCGTGCCCCTTCCCATACCCATGCGATAATGACACTCG
CGCACGCTGCTGTTGACATTGTGTTTCTACGGTGAGGGTCGAATCAGGCA
CTCACTGGCGTCAATTCGTTGTGTATTCTATGTTTGATGCCCGCGGAAAT
CTGAAACCATTATTGGTTGACTGACGCATTCATGGCGAGGAACAGTTCAC
CCAATGTCACTTCATGTCATATTGTTGCCTACCTTCAAACACACGGCGCA
TATGCAAAAGTCTAGGGTCCACGAGGTTACCGTCAGGTGTATTAATGTCG
CGTTGCTGTCGCTGGTGAGGGCACGGTTTTTAATGTGCATCATGCTCAAC
ATTCCGTATCACGTCCTTCTGTTGCCCAAAATCTCACACCTTACCACGGC
GGCAAGCTCCATGCCCGCACAAAGCCAACCGACATTGTTTCGCTCACTTC
CGGATTGTTGTTGCCGGAACCGTTCGTGTAAACGGTTGTCGTCATCATGA
CAGTGACGACGCCCGCGCCGACTGCTGATGAAACGACGCCACCCACTCCA
GGTGACTCCGGCGTCCATGTTTGTCTGTCAGCCGGGGACCCAGGACGCAT
GATGATTTGGGATTGGTGTTGGAAATGCGTGGATGGTTTGGTTGTCGTAG
CGACCGGTACCGTGATGGTTTGGTCAGTCACTTACGCGAGAGGACGCAGC
TTAATGGTGCGATAAAGGATCCGATCAACGTACAACTGAATTCCAATCGC
GCGACGGCGACCGCTTTGTTTGCGCGTGTCCGATGTGTTGCTNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNGGTACCGTGATGGTTTGGTCAGTCACTTACGCGAGAGG
ACGCAGCTTAATGGTGCGATGCAGCATCGGATCCACGTTCACCTGAAATC
AAATTGTGCGACGCCGACCGCCTTGTGTTTCGCTTGTCCGATGTGTTGCT
TTTCGAACCGCGCGTGTCGGTGAACGGTTGTCGTCATCATGACAGTGACG
ACGCCAGCGCCGACTGCTGATGTAACAACACCACCCACTCCAGGTGACTC
CGGCGTCCATATTTGTCTGTTACCCGGTGACCCAGGACGCATGATGATTT
GGGATTGGTGTTGGAAATGCGTAGATAGTTTGGTTGNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNTCATGACAGTGACGACGCCAGCGCCGACTGCTGA
TGTAACAACGCCACCCACTCCAGGTGACTCCGGCTTCCATGTTTGTCTGT
CAGACGGTGATCTAACCCTCACGATGATTTGGGATTTGGTGTTGGAAATG
CGTGGATAATTGGTTGGCGTAGCGACCGGTACCGTGATGGTTTGGTCGGC
CACTACCACGAGAGGACGCAGGTGAATGGTGCGATGCAGCATCCGATCCA
CGTCCAACTGAGTCCGAATCGCGCGACGGCGACCGTTTTGCTTGCGCGTG
TCCGATGTGTTGCTGTTGGAACCGCGCGTGTGGGTGAACGGTTGTCGTCA
TCATGACAGTGACGACGCCAGCGCCGACTG

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_205:309342..317071-

>EsuBft1067_4a-0001 ID=EsuBft1067_4a-0001|Name=EsuBft1067_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=135bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_205:309342..317071- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGTTCCCAATGGATCCAAACAACTTGTCCTTCCATCCTTCCCGTCTACA
CTACCCGTTGATGACCAGGCCCGACCGTGCCCCCTCCTCCTGCGCCTACA
CCACCACCGTCTACAGGTTTGTGGACCACATCTAG