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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
| Seed ortholog | 67593.Physo130920 |
| ProteomeId | EsuBft1032_11 |
| Protein domains | IPR013103 |
| Protein domains | PTHR11439 |
| Owner | apollo_admin@sb-roscoff.fr |
| Note | retrovirus-related pol polyprotein from transposon tnt 1-94 os:nicotiana tabacum pe:2 sv:1 [Automatic annotation] |
| Nb exon | 3 |
| Max annot lvl | 4776|Peronosporales |
| Length | 2972 |
| Hectar predicted targeting category | other localisation |
| Evalue | 1.46e-29 |
| EggNOG OGs | COG2801@1|root,KOG0017@2759|Eukaryota,3QH7N@4776|Peronosporales |
| Date last modified | 2016-06-13 |
| Date creation | 2016-06-13 |
| Description | transposition, RNA-mediated |
| COG category | L |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
| GO | 0003824 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >EsuBft1032_11a-0001 ID=EsuBft1032_11a-0001|Name=EsuBft1032_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=2972bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_578:171440..182839- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ATGCCATCTTCACCCGAGATATACTCCCCTAGCAGCGCAGCTCCTCCTGT TTCTTCTCCAGCAGATGAGTTCACCGATGAGGGAGGGCAGGGAGGGCCGG AGACAGGGGAGGCGGAATCGGCGGGTCCGGGAGGGCAGGAGGTAGAGTCG GAGAGTCAGGAAGGGTTGGATGAACAGTTGGTTGAGGCGGGAGGGCAGGA GGTAGAATCGGAGACATTTCCCCCTGCTACGCACGTACCATCCAATCGTC GCACGCGGCATGAGCTTGCTAGTTACAACACTGCTGTGAATGAGAATGTT GAAGTCAGAGAAGGCAGAACCCGTGCGCAAACTCGGGCAGTAAATCAGCA AAGCGTATCCGGCCTCATGGCCACTCTGGGACCCATCTCCGCATCAGAAA TAGTAGAGGCACCCTTAATGGAACAGAGAGCATCTGATGCGGTGGAATTG CCGAAAGTGCTCATTCAGGACGTACAGTCAGAACCGGGTAGCTACCAAGA AGCCCGCCAGTCAATGTACTCCACGATTTGGGACAAGGCCATGTCGGCAG AATTTGAAGGCTTGTTAAGAACAGGAACGTTCGCCTTAGCAGTAAAGGCT CCAATAGGCTGCAACGTGATAGATGCTACATGGGTCTACAAATGGAAAGC AGATGAAACAGGCAAGATAATGAAGGCCAAGGCTAGGTTTGTAGCGAAGG GCTTCAAGCAGAAGCATGGTGTGGATTATCTTGAAACTTTCTTGCCTACT GCAAATAATGCTGCATCGATTCGCTTATTGTCGGAATTGGATCACGAGGT GTTCATGAAGTTGCCTCCTGGCTGTGAGTCGATGACAGGAAAGGAAGTCC GTTTTGACAAAAGTTTGTTTGGACTGAGGCAGGCATCTACAACATTTCAC AAGAGACTTGTGTTGGGCCTGAAGAGCATTGGTTTTGAACAGTCTCTCTC AGACCCCTGTGTTCTTCGTTTCATGATGAAAGACGAGGTGTTAGGTATGA TTGCGATTCATGTCCGTGATGGAGGAGAGGATGTGCAGTTCCGAGAGGTG GTGGGGAGCCTGATGTGGATCGCCAACCAGACGAGGCCCGACATCTCAAA TGCTGTGCGGGCAGTGGCGAGGCACTCTCACGAGCCAAAGAAAAGCCACT GGAAGGCGGCCCAAAAGATTCTAAATTATCTTCTGGAGACGACACATCTA GCTTTGAAGTACAAGCAGGACACTTTGGTAGCAGTAGGCACGTTGGTGTA CGTAGACGCAGACTTCGCTAGCAAGGCCCCTGACCGTAGATCAGTTCGGG AGCACCACTAATTCTTGTAGCTGACTGTCTTGTTGCTTGGATTTGTAGGA CGCAAAAATGCGTTATACTTTCAACAACTGAAGCAGAGTATGTTGCGATG GGTGACGGTGAAAAAGAGGCTTTGTTTGTCAACGGAATGCTCGAGTTCTT GAGGCCTAGTGATAGCATTTGGTAAGATTCAGGTTCTGTAGGAATGTTCC TCGTAGATGGTGCATTGCCGCGAGTGTGTGCTTTGTGGATAGTGCATCAG TCAGAGGATTCATGGTGTAGTCGCCGTGGCCGTCGGTTCGGAGCATCCAT ACTCCCCCTCACGACGATTTCGGAGAAATGACGAGAAAAAGACGTGGAAA AGAAAGATCGACGGTGTCGCGCGGCGAGATGTAGTGATGCCGTGGTTGCT TGAAGGAATACCACCAACCCGTTGAAGTTCGAATATGTAGATCCCCCGAA GCGCGTGCGCATGGCAGAGCTGTTTGATGATGCAGCTGCTGTCGGCTAGG CGAACTCCTCCACTTGGCGGATGATGTCGTCCTGAAGCTTCCGTACTGGC TTCATAAACTTGTCACCTAGCATCGCCGAGGGTGAGACGTGGTCGAGGGA GATGCGATCCTCATTGACCCATGAGCGAAGTGCGTGATAGCGGACCGCGA TTTCCCTGGAGCAGTTGCTGCCGTCCGTCTTCATCTTCACCCTGAAACGC CAGCGCGCCGATGATGCTGTAGCCGGCTGGAACAGAGGAGAACAGGATGA GGTCGGCAACTTCGTGGTCGTTGAGGCTGTCAAGCTCCTTGCGTATGGCC TTCTGCCATTGGGTTGCTTGAGGTGAGGCCATGGCTTGCTTGTGCGTGTT GGGCACGTCCACTGCTGCCGGCGGAAGAACGTTGTCGATTCCAACAACTC TACTACACTCGGTGTAGGAGTCGAGGGCGCCGTAGAAGGAGTTGATAGTT GCCGACTTGAGCTGCTGTAGAGCTCTAGCTTGCTGAGGTTTGCCCTGTCG GGCTGCGGGAGGTCCGTAGTGACCGATGAGCGCAGTCGTGAACTTATCTT TCCCGCGCGTGGATCTGGAGCGGAGGAGCGGCTGCGGCTGCTGATGGCGT CGCTTGAGCTGGTGTCCGTAGGCTCGGTGTCCGTTTGCTCCAAAAGCGAA GTACCCTTGTTGATGACGTCCTCGTCCGGCGGGTTAGGCTCGTCTTCGAC GTCAGAAACAGACTCGTCCGAAGTGCTGTGTTATGGAAATGTTAGCACAT AGCCATTATGAGTCAATGTTCAGTAGCACTGCACTTGTACGTCGTAGATC ATCGTAGATCTGTTATGTGCCGGTTGGTATGTAACGTGCGTTGTATATGC GGAGGAATTACTTCTGTAGGATTCTATGTTGCCTTGACGAGTAGCTCACT CTCTCGTGTGGATCCTTCCTGACTGTCTGGCATCGTAGCCATCCTGGTCA TCTCCAGTACCCAGCCATCTTCTGGACTCCTGCATACTCTGCGGTTTATC TGTGTGTGTTGGCCACATAAGCGCCAGTGTTTACAACATCTTGTCACCTT CTTCATCACACGGAAGCACTCACGTCTTCCAGGGCGTCCACTACACTAGT GTCACCAACTTGATTAGCGTCAAGGACACAGCCTCTCTGCCACCTTGCTG GGGTATTATACCACAATATCCA back to topprotein sequence of EsuBft1032_11a-0001 >EsuBft1032_11 ID=EsuBft1032_11|Name=EsuBft1032_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=436bp
MPSSPEIYSPSSAAPPVSSPADEFTDEGGQGGPETGEAESAGPGGQEVES ESQEGLDEQLVEAGGQEVESETFPPATHVPSNRRTRHELASYNTAVNENV EVREGRTRAQTRAVNQQSVSGLMATLGPISASEIVEAPLMEQRASDAVEL PKVLIQDVQSEPGSYQEARQSMYSTIWDKAMSAEFEGLLRTGTFALAVKA PIGCNVIDATWVYKWKADETGKIMKAKARFVAKGFKQKHGVDYLETFLPT ANNAASIRLLSELDHEVFMKLPPGCESMTGKEVRFDKSLFGLRQASTTFH KRLVLGLKSIGFEQSLSDPCVLRFMMKDEVLGMIAIHVRDGGEDVQFREV VGSLMWIANQTRPDISNAVRAVARHSHEPKKSHWKAAQKILNYLLETTHL ALKYKQDTLVAVGTLVYVDADFASKAPDRRSVREHH back to topmRNA from alignment at Scaffold_578:171440..182839- Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >EsuBft1032_11a-0001 ID=EsuBft1032_11a-0001|Name=EsuBft1032_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=11400bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_578:171440..182839- (Ectocarpus subulatus male Bft15b) ATGCCATCTTCACCCGAGATATACTCCCCTAGCAGCGCAGCTCCTCCTGT
TTCTTCTCCAGCAGATGAGTTCACCGATGAGGGAGGGCAGGGAGGGCCGG
AGACAGGGGAGGCGGAATCGGCGGGTCCGGGAGGGCAGGAGGTAGAGTCG
GAGAGTCAGGAAGGGTTGGATGAACAGTTGGTTGAGGCGGGAGGGCAGGA
GGTAGAATCGGAGACATTTCCCCCTGCTACGCACGTACCATCCAATCGTC
GCACGCGGCATGAGCTTGCTAGTTACAACACTGCTGTGAATGAGAATGTT
GAAGTCAGAGAAGGCAGAACCCGTGCGCAAACTCGGGCAGTAAATCAGCA
AAGCGTATCCGGCCTCATGGCCACTCTGGGACCCATCTCCGCATCAGAAA
TAGTAGAGGCACCCTTAATGGAACAGAGAGCATCTGATGCGGTGGAATTG
CCGAAAGTGCTCATTCAGGACGTACAGTCAGAACCGGGTAGCTACCAAGA
AGCCCGCCAGTCAATGTACTCCACGATTTGGGACAAGGCCATGTCGGCAG
AATTTGAAGGCTTGTTAAGAACAGGAACGTTCGCCTTAGCAGTAAAGGCT
CCAATAGGCTGCAACGTGATAGATGCTACATGGGTCTACAAATGGAAAGC
AGATGAAACAGGCAAGATAATGAAGGCCAAGGCTAGGTTTGTAGCGAAGG
GCTTCAAGCAGAAGCATGGTGTGGATTATCTTGAAACTTTCTTGCCTACT
GCAAATAATGCTGCATCGATTCGCTTATTGGTAGCATTGGCGTGCAAGTA
TGATTTGGAATTTCTCCACTTTTGACATTGAGCAAGCGTTTGTTCAGTCG
GAATTGGATCACGAGGTGTTCATGAAGTTGCCTCCTGGCTGTGAGTCGAT
GACAGGAAAGGAAGTCCGTTTTGACAAAAGTTTGTTTGGACTGAGGCAGG
CATCTACAACATTTCACAAGAGACTTGTGTTGGGCCTGAAGAGCATTGGT
TTTGAACAGTCTCTCTCAGACCCCTGTGTTCTTCGTTTCATGATGAAAGA
CGAGGTGTTAGGTATGATTGCGATTCATGTCATGTATGCAGGAAATTAGA
AGCTTGCCAAGATGGTTGTGGAAGCGCTAGGTGACTCTCTCCCCACGAAG
AATTTGGGCGAGGTCAAGTTCTTTCTTGGTTGCGCATTTAGTCGCGACCG
CGAGGCTGGCACGATTGAGATGTCTCGAGAGAGTTACGTTAGGAGGAATG
TTCTCGAGAGATTCAATGTTTATTTGTCGCACCAGCTCGATCCCTGCTTT
CCCTGCTAGTGATTACAGGTCCGTGATGGAGGAGAGGATGTGCAGTTCCG
AGAGGTGGTGGGGAGCCTGATGTGGATCGCCAACCAGACGAGGCCCGACA
TCTCAAATGCTGTGCGGGCAGTGGCGAGGCACTCTCACGAGCCAAAGAAA
AGCCACTGGAAGGCGGCCCAAAAGATTCTAAATTATCTTCTGGAGACGAC
ACATCTAGCTTTGAAGTACAAGCAGGACACTTTGGTAGCAGTAGGCACGT
TGGTGTACGTAGACGCAGACTTCGCTAGCAAGGCCCCTGACCGTAGATCA
GTTCGGGAGCACCACTAATTCTTGTAGCTGACTGTCTTGTTGCTTGGATT
TGTAGGACGCAAAAATGCGTTATACTTTCAACAACTGAAGCAGAGTATGT
TGCGATGGGTGACGGTGAAAAAGAGGCTTTGTTTGTCAACGGAATGCTCG
AGTTCTTGAGGCCTAGTGATAGCATTTGGTAAGATTCAGGTACGAGAGGA
CAACGAGGGTGCGATTGCACTTGGTTAAAAATCCACTTAGTTCGTGTAAA
AGTAAGCACATTGACGTGATGCACCACTTTCTTAGGAATTTAACAGAAGT
GGGATTGTCGGGAATCAGGCATGTCTCTAGCGAAGGACAGCATGCGGACA
TTCTGACGAAGGCTCTGCCGAGAGATGTTTTTGGATTCATCGTAATTTTG
CTCTAGGCTCGAGATCTGAGAAGTAGAGGTCTGAGTCGTGTTTGTTCTTC
TGATTTATATTTGGTTTGGTTGAGACAACAGCCCCAAGGAAGGGTGTGAT
CGATTATTCGGGTGGCTCAGTTGTGTGTGATAGGAGTGTAGAGCAGCTCG
GCCATTACGGGCCGTAGGGGTAGGAAACGTCGTGCAGACGTGTGGAAAAA
CGTGTTGTATCCGTGTTGCCGTGTTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AATCGGGGGCGTGCTCGTGCTCGTCAAACCATCACGGTATCGAGTCACGC
CTTCATGCTTTCTCACACAACGAATCTCTCTGAATCCTCACCAAAAGCCT
CTCACAACCAAGGAAAATATGTAGAAAGTTCCTGTTCATCCGCATCTCAT
CACTGCAATATTCGTACGTACGTACATAACATCTCAACCATCATACTATG
CTACGAGTATATCGAATAGGGTGTTCGTGATAGTTGCTGCTTTGCTGTGT
GTGTCGACAGAGTCACTTACAACAATTTGATTGGACAGTTTGAATTGCGG
GACTGTCGGCGTTGCAGATCGCTGAGTAGCCACATATTATCAGAACAGCG
AGGTAGGTTCTGTAGGAATGTTCCTCGTAGATGGTGCATTGCCGCGAGTG
TGTGCTTTGTGGATAGTGCATCAGTCAGAGGATTCATGGTACGTTGTGAA
GTACGTTAGCTCCTGTTGAGTCTTTGTGTTCCGATATTATTGTGTTCTGT
TTTTGTGCGTTGGTCGAGCGACATGGGTGGTGCTGCGGTGCTGCGGTGCT
GCGGTGCTGCGGTGCTAGCCCCACCCTCGCTCACTCCACCTTTTGACCTG
TTCTCCCGAACCAAGGTCTCATCAATACAACATCTTTTCCCCAGAAGCCA
CGGGTTTACCAACACAACATGTAGGCTACTGCTGTATACAAGTACGAGAC
TAAAAACAAAGAGTCAATGCGCTGTAGATACTTGAACACACACGAAAAGG
TCTTGCCCTCAGATCACGACACGTACTTGAAGACAGTGTTTTGCGTCATG
TACGTAGAAAACCGAGTCTATCGTGGGCGCTATGCTAGAACAGAATTCGG
AAGCATGCTACAAGGAGAAGACACAACACTGCAAACAAACTGACAAGAAT
TCTGGACCATTCGCCAATGGCTGCTGCTGCATTCCCGAAGTAAGGATTCT
TCTGCTCCGGCTTAGAAGCAGTTGTCTTGTGCTACCGGGTAGGTGTAGTC
GCCGTGGCCGTCGGTTCGGAGCATCCATACTCCCCCTCACGACGATTTCG
GAGAAATGACGAGAAAAAGACGTGGAAAAGAAAGATCGACGGTGTCGCGC
GGCGAGATGTAGTGATGCCGTGGTTGCTTGAAGGAATACCACCAACCCGT
TGAAGTTCGAATATGTAGATCCCCCGAAGCGCGTGCGCATGGCAGAGCTG
TTTGATGATGCAGCTGCTGTCGGCTAGGCGAACTCCTCCACTTGGCGGAT
GATGTCGTCCTGAAGCTTCCGTACTGGCTTCATAAACTTGTCACCTAGCA
TCGCCGAGGGTGAGACGTGGTCGAGGGAGATGCGATCCTCATTGACCCAT
GAGCGAAGTGCGTGATAGCGGACCGCGATTTCCCTGGAGCAGTTGCTGCC
GTCCGTCTTCATCTTCACCCTGAAACGCCAGCGCGCCGATGATGCTGTAG
CCGGCTGGAACAGAGGAGAACAGGATGAGGTCGGCAACTTCGTGGTCGTT
GAGGCTGTCAAGCTCCTTGCGTATGGCCTTCTGCCATTGGGTTGCTTGAG
GTGAGGCCATGGCTTGCTTGTGCGTGTTGGGCACGTCCACTGCTGCCGGC
GGAAGAACGTTGTCGATTCCAACAACTCTACTACACTCGGTGTAGGAGTC
GAGGGCGCCGTAGAAGGAGTTGATAGTTGCCGACTTGAGCTGCTGTAGAG
CTCTAGCTTGCTGAGGTTTGCCCTGTCGGGCTGCGGGAGGTCCGTAGTGA
CCGATGAGCGCAGTCGTGAACTTATCTTTCCCGCGCGTGGATCTGGAGCG
GAGGAGCGGCTGCGGCTGCTGATGGCGTCGCTTGAGCTGGTGTCCGTAGG
CTCGGTGTCCGTTTGCTCCAAAAGCGAAGTACCCTTGTTGATGACGTCCT
CGTCCGGCGGGTTAGGCTCGTCTTCGACGTCAGAAACAGACTCGTCCGAA
GTGCTGTGTTATGGAAATGTTAGCACATAGCCATTATGAGTCAATGTTCA
GTAGCACTGCACTTGTACGTCGTAGATCATCGTAGATCTGTTATGTGCCG
GTTGGTATGTAACGTGCGTTGTATATGCGGAGGAATTACTTCTGTAGGAT
TCTATGTTGCCTTGACGAGTAGCTCACTCTCTCGTGTGGATCCTTCCTGA
CTGTCTGGCATCGTAGCCATCCTGGTCATCTCCAGTACCCAGCCATCTTC
TGGACTCCTGCATACTCTGCGGTTTATCTGTGTGTGTTGGCCACATAAGC
GCCAGTGTTTACAACATCTTGTCACCTTCTTCATCACACGGAAGCACTCA
CGTCTTCCAGGGCGTCCACTACACTAGTGTCACCAACTTGATTAGCGTCA
AGGACACAGCCTCTCTGCCACCTTGCTGGGGTATTATACCACAATATCCA
back to topCoding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_578:171440..182839- >EsuBft1032_11a-0001 ID=EsuBft1032_11a-0001|Name=EsuBft1032_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=1311bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_578:171440..182839- (Ectocarpus subulatus male Bft15b) ATGCCATCTTCACCCGAGATATACTCCCCTAGCAGCGCAGCTCCTCCTGT TTCTTCTCCAGCAGATGAGTTCACCGATGAGGGAGGGCAGGGAGGGCCGG AGACAGGGGAGGCGGAATCGGCGGGTCCGGGAGGGCAGGAGGTAGAGTCG GAGAGTCAGGAAGGGTTGGATGAACAGTTGGTTGAGGCGGGAGGGCAGGA GGTAGAATCGGAGACATTTCCCCCTGCTACGCACGTACCATCCAATCGTC GCACGCGGCATGAGCTTGCTAGTTACAACACTGCTGTGAATGAGAATGTT GAAGTCAGAGAAGGCAGAACCCGTGCGCAAACTCGGGCAGTAAATCAGCA AAGCGTATCCGGCCTCATGGCCACTCTGGGACCCATCTCCGCATCAGAAA TAGTAGAGGCACCCTTAATGGAACAGAGAGCATCTGATGCGGTGGAATTG CCGAAAGTGCTCATTCAGGACGTACAGTCAGAACCGGGTAGCTACCAAGA AGCCCGCCAGTCAATGTACTCCACGATTTGGGACAAGGCCATGTCGGCAG AATTTGAAGGCTTGTTAAGAACAGGAACGTTCGCCTTAGCAGTAAAGGCT CCAATAGGCTGCAACGTGATAGATGCTACATGGGTCTACAAATGGAAAGC AGATGAAACAGGCAAGATAATGAAGGCCAAGGCTAGGTTTGTAGCGAAGG GCTTCAAGCAGAAGCATGGTGTGGATTATCTTGAAACTTTCTTGCCTACT GCAAATAATGCTGCATCGATTCGCTTATTGTCGGAATTGGATCACGAGGT GTTCATGAAGTTGCCTCCTGGCTGTGAGTCGATGACAGGAAAGGAAGTCC GTTTTGACAAAAGTTTGTTTGGACTGAGGCAGGCATCTACAACATTTCAC AAGAGACTTGTGTTGGGCCTGAAGAGCATTGGTTTTGAACAGTCTCTCTC AGACCCCTGTGTTCTTCGTTTCATGATGAAAGACGAGGTGTTAGGTATGA TTGCGATTCATGTCCGTGATGGAGGAGAGGATGTGCAGTTCCGAGAGGTG GTGGGGAGCCTGATGTGGATCGCCAACCAGACGAGGCCCGACATCTCAAA TGCTGTGCGGGCAGTGGCGAGGCACTCTCACGAGCCAAAGAAAAGCCACT GGAAGGCGGCCCAAAAGATTCTAAATTATCTTCTGGAGACGACACATCTA GCTTTGAAGTACAAGCAGGACACTTTGGTAGCAGTAGGCACGTTGGTGTA CGTAGACGCAGACTTCGCTAGCAAGGCCCCTGACCGTAGATCAGTTCGGG AGCACCACTAA back to top
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