Homology
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
D8LTV7_ECTSI (Presenilin n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D8LTV7_ECTSI)
HSP 1 Score: 151 bits (381), Expect = 2.530e-41
Identity = 75/83 (90.36%), Postives = 77/83 (92.77%), Query Frame = 1
Query: 1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
+AL L +AAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYM MSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDA TYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK
Sbjct: 128 NALIIVLVLAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMAMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDAFTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 210
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
A0A6H5KLU3_9PHAE (Presenilin n=1 Tax=Ectocarpus sp. CCAP 1310/34 TaxID=867726 RepID=A0A6H5KLU3_9PHAE)
HSP 1 Score: 151 bits (381), Expect = 3.030e-41
Identity = 75/83 (90.36%), Postives = 77/83 (92.77%), Query Frame = 1
Query: 1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
+AL L +AAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYM MSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDA TYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK
Sbjct: 128 NALIIVLVLAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMAMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDAFTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 210
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
W7TKB5_9STRA (Presenilin-like protein n=2 Tax=Monodopsidaceae TaxID=425072 RepID=W7TKB5_9STRA)
HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 1.770e-20
Identity = 48/83 (57.83%), Postives = 60/83 (72.29%), Query Frame = 1
Query: 1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
+ALT + ATFV+V +Y RCM+CL GYM +SS +LLG+MGG +W AL + LPCD T+ VL+NFA VGVVAIFYQK
Sbjct: 114 NALTIVGVICGATFVVVLLYKFRCMKCLFGYMALSSTMLLGLMGGLLWYTALIRWDLPCDYFTFVIVLYNFAFVGVVAIFYQK 196
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
A0A7S2XWZ8_9STRA (Hypothetical protein n=1 Tax=Fibrocapsa japonica TaxID=94617 RepID=A0A7S2XWZ8_9STRA)
HSP 1 Score: 89.4 bits (220), Expect = 4.730e-19
Identity = 45/83 (54.22%), Postives = 61/83 (73.49%), Query Frame = 1
Query: 1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
+ALT L +A ATF IV +Y RCM+CL+GYM SS +LLG+MGG V AL+ + + D TYY +L+NF++VGV+AIFYQ+
Sbjct: 79 NALTIVLVLAGATFAIVLLYKFRCMKCLIGYMMFSSVMLLGIMGGMVLWTALDKWNVVMDEYTYYFILYNFSMVGVIAIFYQQ 161
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
A0A7S2F2R2_9STRA (Hypothetical protein n=1 Tax=Dictyocha speculum TaxID=35687 RepID=A0A7S2F2R2_9STRA)
HSP 1 Score: 87.8 bits (216), Expect = 1.020e-18
Identity = 44/83 (53.01%), Postives = 64/83 (77.11%), Query Frame = 1
Query: 1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
+AL +AAATF IV +Y RCM+ L+GYM +SS +LLG+MG + ALE++Q+PCDA+T+Y + +NFAVVGV++IF++K
Sbjct: 46 NALIIVCVLAAATFGIVCLYKYRCMKLLIGYMMLSSMMLLGLMGSLMLWTALELWQVPCDAITFYFIAYNFAVVGVISIFWKK 128
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
A0A7S2A8L3_TRICV (Presenilin (Fragment) n=1 Tax=Trieres chinensis TaxID=1514140 RepID=A0A7S2A8L3_TRICV)
HSP 1 Score: 85.9 bits (211), Expect = 4.290e-18
Identity = 44/83 (53.01%), Postives = 58/83 (69.88%), Query Frame = 1
Query: 1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
+AL + A TFVIV +Y RCM+CL+GYM SS LLG++GG V A++ Y++P D LT+ LWNFA VGV+AIFYQ+
Sbjct: 129 NALVMVTVIGAMTFVIVLLYKYRCMKCLIGYMIFSSGSLLGLLGGVVAQVAVDKYRIPVDWLTFALGLWNFAAVGVLAIFYQR 211
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
A0A7S4S6U3_9STRA (Presenilin n=1 Tax=Ditylum brightwellii TaxID=49249 RepID=A0A7S4S6U3_9STRA)
HSP 1 Score: 84.0 bits (206), Expect = 9.150e-18
Identity = 44/82 (53.66%), Postives = 59/82 (71.95%), Query Frame = 1
Query: 1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQ 246
+AL + A TFVIV +Y R MRCL+ YM SSA+LLGV+GG ++ A+E Y+LP DA ++ L+NFA+VGV+AIFYQ
Sbjct: 50 NALVMVCFICALTFVIVILYKFRFMRCLIAYMVYSSAMLLGVLGGVLFDVAIEKYRLPVDAFSFLFALYNFALVGVIAIFYQ 131
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
B7FQB3_PHATC (Presenilin n=3 Tax=Phaeodactylum tricornutum TaxID=2850 RepID=B7FQB3_PHATC)
HSP 1 Score: 84.3 bits (207), Expect = 1.020e-17
Identity = 39/75 (52.00%), Postives = 57/75 (76.00%), Query Frame = 1
Query: 25 VAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
+ A TFVIV +Y +R M+CL+GYM +SS LLGV+GG + A+ +Y++P D LT+YG ++NF VVGV+AIF+ +
Sbjct: 11 ICALTFVIVLLYHLRFMKCLIGYMIISSGTLLGVLGGNMMQVAVAIYEIPVDKLTFYGFIYNFCVVGVLAIFFGR 85
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
A0A1E7FFK3_9STRA (Presenilin-domain-containing protein n=1 Tax=Fragilariopsis cylindrus CCMP1102 TaxID=635003 RepID=A0A1E7FFK3_9STRA)
HSP 1 Score: 82.4 bits (202), Expect = 2.750e-17
Identity = 38/71 (53.52%), Postives = 51/71 (71.83%), Query Frame = 1
Query: 37 TFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
TFVIV +Y CM L+GYM +S LLG +GG +W A+++Y LP D +TY+ VLWNFA VG+++IFY K
Sbjct: 9 TFVIVLLYKYNCMWLLIGYMMFASTSLLGFLGGHIWYVAIQIYSLPVDKMTYFLVLWNFAAVGILSIFYGK 79
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match:
A0A7S2UN25_9STRA (Hypothetical protein (Fragment) n=1 Tax=Attheya septentrionalis TaxID=420275 RepID=A0A7S2UN25_9STRA)
HSP 1 Score: 82.0 bits (201), Expect = 3.990e-17
Identity = 40/72 (55.56%), Postives = 54/72 (75.00%), Query Frame = 1
Query: 31 AATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQ 246
A TFVIV +Y RCM+ L+GYM +SSA LLG++G A+ +E Y+ P D +T+Y ++NFAVVGVVAIF+Q
Sbjct: 135 AMTFVIVGLYKFRCMKVLIGYMVLSSATLLGILGAAMLEVGIERYRFPVDVVTFYSGMYNFAVVGVVAIFWQ 206
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90 )
Total hits: 25
0 1 Expect = 2.53e-41 / Id = 90.36 Expect = 3.03e-41 / Id = 90.36 Expect = 1.77e-20 / Id = 57.83 Expect = 4.73e-19 / Id = 54.22 Expect = 1.02e-18 / Id = 53.01 Expect = 4.29e-18 / Id = 53.01 Expect = 9.15e-18 / Id = 53.66 Expect = 1.02e-17 / Id = 52.00 Expect = 2.75e-17 / Id = 53.52 Expect = 3.99e-17 / Id = 55.56 Sequence D8LTV7_ECTSI A0A6H5KLU3_9PHAE W7TKB5_9STRA A0A7S2XWZ8_9STRA A0A7S2F2R2_9STRA A0A7S2A8L3_TRICV A0A7S4S6U3_9STRA B7FQB3_PHATC A0A1E7FFK3_9STRA A0A7S2UN25_9STRA Pages
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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
Property Name Value
Taxonomic scope Eukaryota Stop 0 Start 0 Seed ortholog score 147.5 Seed ortholog evalue 2.7e-33 Seed eggNOG ortholog 2880.D8LTV7 Preferred name PSEN1 Model size 249 KEGG ko ko:K04505,ko:K04522,ko:K06060 KEGG Pathway ko04310,ko04330,ko04722,ko05010,ko05165,map04310,map04330,map04722,map05010,map05165 KEGG Module M00682 Hectar predicted targeting category signal peptide GOs 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O:2001236,GO:2001237,GO:2001238 Exons 1 EggNOG free text desc. subunit of the gamma-secretase complex, an endoprotease complex that catalyzes the intramembrane cleavage of integral membrane proteins such as Notch receptors EggNOG OGs KOG2736@1,KOG2736@2759 Cds size 249 COG Functional cat. O Best tax level Eukaryota Best eggNOG OG NA|NA|NA BRITE ko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko01002
Relationships
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
Feature Name Unique Name Species Type Position
1681464248.018721-CDS-Ecto-sp13_S_contig98593:266..515 1681464248.018721-CDS-Ecto-sp13_S_contig98593:266..515 Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m CDS Ecto-sp13_S_contig98593 267..515 -
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
protein sequence of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1
>prot_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 ID=prot_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=polypeptide|length=83bp
HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAA back to top mRNA from alignment at Ecto-sp13_S_contig98593:267..515-
Legend: CDS polypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 ID=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=mRNA|length=249bp|location=Sequence derived from alignment at Ecto-sp13_S_contig98593:267..515- (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)CACGCCTTGACCCCCCCCCTTGCGGTTGCAGCTGCTACCTTCGTGATCGT
GTGGATGTACTGGATGAGGTGCATGCGCTGCCTTGTCGGGTACATGACGA
TGAGCTCGGCCGTCCTGTTGGGAGTAATGGGAGGCGCGGTGTGGGCGGCG
GCCCTGGAAGTGTATCAGCTCCCCTGCGACGCGTTGACGTACTACGGGGT
GCTGTGGAATTTCGCGGTGGTCGGGGTCGTGGCTATTTTCTACCAAAAG back to top Coding sequence (CDS) from alignment at Ecto-sp13_S_contig98593:267..515-
>mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 ID=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=CDS|length=249bp|location=Sequence derived from alignment at Ecto-sp13_S_contig98593:267..515- (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m) back to top