mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1 (mRNA) Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m

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Overview
NamemRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1
Unique NamemRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1
TypemRNA
OrganismEctocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
Homology
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1 vs. uniprot
Match: D8LJ66_ECTSI (Helicase ATP-binding domain-containing protein n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D8LJ66_ECTSI)

HSP 1 Score: 249 bits (636), Expect = 1.140e-77
Identity = 136/142 (95.77%), Postives = 138/142 (97.18%), Query Frame = 1 
Query:    1 QDVGPGIATHLGANSSTVDPLAERETRLKQELEKDGHAVADAGGEEGRKAAAAALAARQRELFTVQVLRLQRSCRKQAVDISREISRKPLAAGALLDWHSFYRTRAQSQREVKVAEREKRRQAIFKEEAKRRRYQSYLKAIL 426
            +DVGPGIATHLGANSSTVDPL ERETRLKQELEKDG AVA AG EEGRKAAAAALAARQRELFT+QVLRLQRSCRKQAVDISREISRKPLAAGALLDWHSFYRTRAQSQREVKVAEREKRRQAIFKEEAKRRRYQSYLKAIL
Sbjct:  212 KDVGPGIATHLGANSSTVDPLTERETRLKQELEKDGQAVAGAGDEEGRKAAAAALAARQRELFTIQVLRLQRSCRKQAVDISREISRKPLAAGALLDWHSFYRTRAQSQREVKVAEREKRRQAIFKEEAKRRRYQSYLKAIL 353
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
D8LJ66_ECTSI1.140e-7795.77Helicase ATP-binding domain-containing protein n=1... [more]
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Ecto-sp13_S_contig11680contigEcto-sp13_S_contig11680:3561..5157 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef902022-09-19
Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m OGS1.02022-07-08
Properties
Property NameValue
Taxonomic scopeEukaryota
Stop0
Start0
Seed ortholog score251.5
Seed ortholog evalue2.3e-64
Seed eggNOG ortholog2880.D8LJ66
Preferred nameSMARCA4
Model size427
KEGG koko:K11647,ko:K11786
KEGG Pathwayko04714,ko05225,map04714,map05225
Hectar predicted targeting categoryother localisation
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Best eggNOG OGNA|NA|NA
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Relationships

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

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The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
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Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1

>prot_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1 ID=prot_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=polypeptide|length=142bp
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mRNA from alignment at Ecto-sp13_S_contig11680:3561..5157-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1 ID=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=mRNA|length=1597bp|location=Sequence derived from alignment at Ecto-sp13_S_contig11680:3561..5157- (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
CAGGACGTCGGCCCGGGCATCGCAACACATCTAGGCGCCAATTCCTCGAC
GGTGGATCCCTTGGCTGAGCGCGAGACCCGACTCAAGCAGGAGTTGGAGA
AGGACGGACACGCGGTAGCGGACGCGGGGGGCGAGGAAGGGCGGAAGGCG
GCGGCTGCCGCGCTGGCGGCGCGACAGCGAGAGCTGTTTACGGTTCAGGT
ACTGTAGCCTTTGTTCCGGTACGACGAAAACATATGGATTTCCCGTTCTC
TCTCTATATATCTATCTATCTATCTATCCTCTCTCTATATATATATCTCG
TCCTCTCTCTCTTGGTGTTGTTCTTTCATTCCCAGCCCGAGTAGAGTCCT
TGCCCGGAAAATCTCTGTGGTTGTCACACGGAAGTATCTTTACTGCCATC
TCGAGAAGAATTGTAGCGGCTACGATTTGAGAGGAACACGGATGCAAGAG
AGTGTTTTCGGCCCTGGTCCCAACCTTCTCTTGCACTGTAGCTACTACTG
TAGGGGCATCGATGTGAAATTGGCTGTGTGGATCGCTGGACTACACTCTC
GACCGTTTTTTGTACAAGCGTGGATGAGATGTTTGGCACCAGTTTGGAGG
AAAGGTTCCCGACACACGCACGGCGACTTATGAGATTAGTCCAGATGATA
ATTACCGTTACCGGTCTTAGGGTGGCACGTGATGGATCGATTCTTCAAAG
CCTGTTGGGAAAATATTCCTAAAATCTACTCTCCCTCGTCGTTGACGTTG
TTGTTAGTGCTGGTTGTGATTTTTTTTGTTGATATTGACTAGTCCACACC
TTGGTGCACCTTCGCGCATGTTCTGTTCGTGTTGTCAGCGTGTTTTTCCT
TGTAGAGGCGTTCTCCGCGCTTTTGTTTACGGCCACGATGTACTCAATAC
ACGAACATGTGTACTCCGTGTCACGCATGAACCGAACAGCGGTGTTTTGA
CATCACGCCGCATTTTGTTCAGGCCAATGTTTACTCGATGCGCAACGAGT
GCGCACTCCACACCACTCCTTGTCCGGGCAGACAGTGTTTTGACTCCACA
CGATCTCCGCCATTTGCCCCGTAATTTTACTTGCTCGTGTGGCAGGTTTT
GCGACTTCAGCGGTCATGTCGCAAGCAGGCGGTGGACATTTCCCGGGAAA
TTTCTCGGAAGCCTCTCGCGGCAGGGGCCTTGCTAGACTGGCACTCGTTC
TACCGCACCAGGGCGCAGTCCCAACGAGAGGTGTGGGCTTTTCATGTAAA
AGCATACGGTAGCCGTTAGACCACTGGCCTCGCATCCATAGGGTGTGTGT
GTGAAGCGTTGCTCTTAGATTGTGAGCGATACCGTAGTGGACACAGACAA
GGCACTAGGCGGGAAGCTCGGAAAGCGAAACACAAAGAGGATTCGCTGTC
GGAGATTTTTGGTTGAGGGCGTCATGAAAGCGTGAGCAATTGGTGTTTAT
GCCTGTTTACTTTGTAGTCTTATTTTATTGTCTGGTTTTGCCCCGAAACA
AAGGTCAAGGTTGCCGAGAGGGAGAAGAGGCGTCAGGCCATCTTCAAAGA
GGAGGCCAAGCGCCGCCGCTACCAGTCCTACCTCAAGGCCATCCTGG
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Coding sequence (CDS) from alignment at Ecto-sp13_S_contig11680:3561..5157-

>mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1 ID=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1462.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=CDS|length=426bp|location=Sequence derived from alignment at Ecto-sp13_S_contig11680:3561..5157- (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
CAGGACGTCGGCCCGGGCATCGCAACACATCTAGGCGCCAATTCCTCGAC
GGTGGATCCCTTGGCTGAGCGCGAGACCCGACTCAAGCAGGAGTTGGAGA
AGGACGGACACGCGGTAGCGGACGCGGGGGGCGAGGAAGGGCGGAAGGCG
GCGGCTGCCGCGCTGGCGGCGCGACAGCGAGAGCTGTTTACGGTTCAGGT
TTTGCGACTTCAGCGGTCATGTCGCAAGCAGGCGGTGGACATTTCCCGGG
AAATTTCTCGGAAGCCTCTCGCGGCAGGGGCCTTGCTAGACTGGCACTCG
TTCTACCGCACCAGGGCGCAGTCCCAACGAGAGGTCAAGGTTGCCGAGAG
GGAGAAGAGGCGTCAGGCCATCTTCAAAGAGGAGGCCAAGCGCCGCCGCT
ACCAGTCCTACCTCAAGGCCATCCTG
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