mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1 (mRNA) Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m

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Overview
NamemRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1
Unique NamemRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1
TypemRNA
OrganismEctocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
Homology
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1 vs. uniprot
Match: D8LJ66_ECTSI (Helicase ATP-binding domain-containing protein n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D8LJ66_ECTSI)

HSP 1 Score: 109 bits (272), Expect = 2.900e-26
Identity = 64/71 (90.14%), Postives = 67/71 (94.37%), Query Frame = 1 
Query:    1 LEFTNFHRGRRLTVSKMARACVSHTEDQAAREKREKDRAERKRIQEGAAAAPDGGGGKSAESKEAEAEKAA 213
            LEF+NFHRGRRLTVSKMARACVSHTEDQAAREKRE+ RAERKRIQEGAAAAPDGG  KSAES+EA AEKAA
Sbjct:  357 LEFSNFHRGRRLTVSKMARACVSHTEDQAAREKREEGRAERKRIQEGAAAAPDGGXXKSAESEEAGAEKAA 427
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
D8LJ66_ECTSI2.900e-2690.14Helicase ATP-binding domain-containing protein n=1... [more]
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Ecto-sp13_S_contig11680contigEcto-sp13_S_contig11680:89..2471 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef902022-09-19
Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m OGS1.02022-07-08
Properties
Property NameValue
Taxonomic scopeEukaryota
Stop0
Start0
Seed ortholog score111.3
Seed ortholog evalue1.9e-22
Seed eggNOG ortholog2880.D8LJ66
Preferred nameSMARCA4
Model size214
KEGG koko:K11647,ko:K11786
KEGG Pathwayko04714,ko05225,map04714,map05225
Hectar predicted targeting categoryother localisation
GOsGO:0000003,GO:0000086,GO:0000122,GO:0000166,GO:0000182,GO:0000228,GO:0000278,GO:0000785,GO:0000790,GO:0000791,GO:0000792,GO:0000902,GO:0000904,GO:0000976,GO:0000977,GO:0000978,GO:0000987,GO:0000988,GO:0000990,GO:0000991,GO:0001012,GO:0001013,GO:0001046,GO:0001047,GO:0001067,GO:0001085,GO:0001101,GO:0001102,GO:0001163,GO:0001164,GO:0001188,GO:0001221,GO:0001223,GO:0001558,GO:0001568,GO:0001570,GO:0001654,GO:0001701,GO:0001709,GO:0001824,GO:0001832,GO:0001835,GO:0001889,GO:0001944,GO:0002009,GO:0002039,GO:0002064,GO:0002088,GO:0002165,GO:0002262,GO:0002376,GO:0002520,GO:0002682,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003007,GO:0003151,GO:0003205,GO:0003206,GO:0003231,GO:0003279,GO:0003281,GO:0003407,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003678,GO:0003682,GO:0003690,GO:0003712,GO:0003713,GO:0003714,GO:0003824,GO:0004003,GO:0004386,GO:0005102,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005694,GO:0005719,GO:0005726,GO:0005730,GO:0005856,GO:0005975,GO:0005984,GO:0005985,GO:0005987,GO:0006066,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006281,GO:0006284,GO:0006302,GO:0006304,GO:0006305,GO:0006306,GO:0006310,GO:0006323,GO:0006325,GO:0006333,GO:0006334,GO:0006337,GO:0006338,GO:0006342,GO:0006346,GO:0006351,GO:0006352,GO:0006354,GO:0006355,GO:0006356,GO:0006357,GO:0006360,GO:0006361,GO:0006366,GO:0006368,GO:0006464,GO:0006473,GO:0006475,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006928,GO:0006935,GO:0006950,GO:0006970,GO:0006974,GO:0006996,GO:0007010,GO:0007049,GO:0007059,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007286,GO:0007292,GO:0007346,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007403,GO:0007406,GO:0007409,GO:0007417,GO:0007420,GO:0007423,GO:0007444,GO:0007472,GO:0007474,GO:0007476,GO:0007478,GO:0007480,GO:0007507,GO:0007552,GO:0007560,GO:0008026,GO:0008094,GO:0008134,GO:0008144,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008283,GO:0008284,GO:0008285,GO:0008544,GO:0008586,GO:0008587,GO:0009056,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009266,GO:0009267,GO:0009311,GO:0009313,GO:0009408,GO:0009414,GO:0009415,GO:0009605,GO:0009628,GO:0009651,GO:0009653,GO:0009790,GO:0009791,GO:0009792,GO:0009826,GO:0009886,GO:0009887,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009913,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009968,GO:0009987,GO:0009991,GO:0010001,GO:0010015,GO:0010033,GO:0010035,GO:0010073,GO:0010074,GO:0010078,GO:0010154,GO:0010162,GO:0010231,GO:0010424,GO:0010431,GO:0010453,GO:0010455,GO:0010467,GO:0010468,GO:0010492,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010564,GO:0010570,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010648,GO:0010721,GO:0010810,GO:0010811,GO:0010941,GO:0010948,GO:0010959,GO:0015616,GO:0016043,GO:0016049,GO:0016052,GO:0016070,GO:0016358,GO:0016458,GO:0016462,GO:0016514,GO:0016569,GO:0016570,GO:0016573,GO:0016584,GO:0016586,GO:0016787,GO:0016817,GO:0016818,GO:0016887,GO:0017076,GO:0017111,GO:0018130,GO:0018193,GO:0018205,GO:0018393,GO:0018394,GO:0019219,GO:0019221,GO:0019222,GO:0019438,GO:0019538,GO:0019827,GO:0019899,GO:0019953,GO:0021700,GO:0021781,GO:0022008,GO:0022402,GO:0022411,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022607,GO:0022611,GO:0022622,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0023057,GO:0030030,GO:0030097,GO:0030099,GO:0030111,GO:0030154,GO:0030155,GO:0030177,GO:0030182,GO:0030198,GO:0030216,GO:0030218,GO:0030308,GO:0030326,GO:0030334,GO:0030554,GO:0030855,GO:0030900,GO:0030902,GO:0030957,GO:0031055,GO:0031175,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031347,GO:0031490,GO:0031491,GO:0031492,GO:0031494,GO:0031496,GO:0031497,GO:0031498,GO:0031667,GO:0031668,GO:0031669,GO:0031974,GO:0031981,GO:0032259,GO:0032392,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032508,GO:0032553,GO:0032555,GO:0032559,GO:0032774,GO:0032776,GO:0032879,GO:0032984,GO:0032986,GO:0032989,GO:0032990,GO:0032991,GO:0033143,GO:0033144,GO:0033554,GO:0033613,GO:0034097,GO:0034101,GO:0034198,GO:0034622,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034654,GO:0034728,GO:0034756,GO:0035060,GO:0035107,GO:0035108,GO:0035113,GO:0035114,GO:0035116,GO:0035120,GO:0035137,GO:0035172,GO:0035188,GO:0035218,GO:0035220,GO:0035239,GO:0035257,GO:0035258,GO:0035295,GO:0035639,GO:0035821,GO:0035886,GO:0035887,GO:0035904,GO:0036003,GO:0036094,GO:0036211,GO:0036335,GO:0038111,GO:0040007,GO:0040008,GO:0040011,GO:0040012,GO:0040029,GO:0042058,GO:0042063,GO:0042127,GO:0042148,GO:0042221,GO:0042330,GO:0042393,GO:0042592,GO:0042594,GO:0042623,GO:0042692,GO:0042766,GO:0042981,GO:0043009,GO:0043010,GO:0043044,GO:0043062,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043167,GO:0043168,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043269,GO:0043388,GO:0043412,GO:0043414,GO:0043543,GO:0043565,GO:0043588,GO:0043618,GO:0043620,GO:0043696,GO:0043697,GO:0043900,GO:0043902,GO:0043903,GO:0043921,GO:0043923,GO:0043933,GO:0043966,GO:0043974,GO:0044085,GO:0044093,GO:0044107,GO:0044109,GO:0044212,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044262,GO:0044267,GO:0044271,GO:0044275,GO:0044281,GO:0044282,GO:0044403,GO:0044419,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044446,GO:0044454,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044728,GO:0044770,GO:0044772,GO:0044839,GO:0044877,GO:0045088,GO:0045111,GO:0045165,GO:0045595,GO:0045596,GO:0045597,GO:0045742,GO:0045785,GO:0045786,GO:0045814,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045926,GO:0045927,GO:0045930,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045943,GO:0045944,GO:0046164,GO:0046352,GO:0046483,GO:0046782,GO:0047485,GO:0048232,GO:0048316,GO:0048364,GO:0048468,GO:0048477,GO:0048507,GO:0048513,GO:0048514,GO:0048515,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048524,GO:0048534,GO:0048562,GO:0048563,GO:0048568,GO:0048569,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048589,GO:0048598,GO:0048608,GO:0048609,GO:0048646,GO:0048666,GO:0048667,GO:0048699,GO:0048707,GO:0048729,GO:0048730,GO:0048731,GO:0048732,GO:0048736,GO:0048737,GO:0048812,GO:0048813,GO:0048844,GO:0048856,GO:0048858,GO:0048869,GO:0048872,GO:0050434,GO:0050681,GO:0050767,GO:0050768,GO:0050776,GO:0050789,GO:0050792,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050896,GO:0051049,GO:0051090,GO:0051091,GO:0051093,GO:0051094,GO:0051098,GO:0051099,GO:0051101,GO:0051128,GO:0051145,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051239,GO:0051241,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051254,GO:0051270,GO:0051276,GO:0051321,GO:0051427,GO:0051702,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051817,GO:0051851,GO:0051960,GO:0051961,GO:0052312,GO:0052472,GO:0060037,GO:0060041,GO:0060173,GO:0060216,GO:0060255,GO:0060284,GO:0060318,GO:0060322,GO:0060343,GO:0060347,GO:0060429,GO:0060548,GO:0060560,GO:0060562,GO:0060765,GO:0060766,GO:0060840,GO:0060976,GO:0061008,GO:0061061,GO:0061383,GO:0061384,GO:0061412,GO:0061458,GO:0061564,GO:0061587,GO:0061626,GO:0065003,GO:0065004,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070035,GO:0070182,GO:0070306,GO:0070307,GO:0070577,GO:0070603,GO:0070784,GO:0070786,GO:0070887,GO:0070897,GO:0070983,GO:0071103,GO:0071310,GO:0071345,GO:0071496,GO:0071564,GO:0071565,GO:0071684,GO:0071695,GO:0071704,GO:0071824,GO:0071840,GO:0072091,GO:0072358,GO:0072359,GO:0080090,GO:0080134,GO:0090033,GO:0090304,GO:0097159,GO:0097367,GO:0097437,GO:0097458,GO:0097485,GO:0097659,GO:0098727,GO:0098760,GO:0098761,GO:0099402,GO:0120036,GO:0120039,GO:0140030,GO:0140033,GO:0140097,GO:0140110,GO:1900187,GO:1900189,GO:1900190,GO:1900192,GO:1900390,GO:1900393,GO:1900400,GO:1900428,GO:1900430,GO:1901184,GO:1901186,GO:1901265,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901575,GO:1901576,GO:1901615,GO:1901616,GO:1901700,GO:1901836,GO:1901838,GO:1901987,GO:1901988,GO:1901990,GO:1901991,GO:1902494,GO:1902659,GO:1902661,GO:1902679,GO:1902680,GO:1902692,GO:1902806,GO:1902807,GO:1902893,GO:1902895,GO:1903047,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1904837,GO:1904949,GO:1905392,GO:1990837,GO:1990928,GO:2000026,GO:2000045,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000134,GO:2000145,GO:2000177,GO:2000178,GO:2000217,GO:2000219,GO:2000241,GO:2000243,GO:2000647,GO:2000648,GO:2001141
Exons2
EggNOG free text desc.aortic smooth muscle cell differentiation
EggNOG OGsCOG0553@1,KOG0386@2759
Cds size213
COG Functional cat.KL
Best tax levelEukaryota
Best eggNOG OGNA|NA|NA
BRITEko00000,ko00001,ko01000,ko03021,ko03036
Relationships

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
1681462615.6711664-CDS-Ecto-sp13_S_contig11680:88..1661681462615.6711664-CDS-Ecto-sp13_S_contig11680:88..166Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19mCDSEcto-sp13_S_contig11680 89..166 -
1681462615.684908-CDS-Ecto-sp13_S_contig11680:2336..24711681462615.684908-CDS-Ecto-sp13_S_contig11680:2336..2471Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19mCDSEcto-sp13_S_contig11680 2337..2471 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1prot_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19mpolypeptideEcto-sp13_S_contig11680 89..2471 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1

>prot_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1 ID=prot_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=polypeptide|length=71bp
LEFTNFHRGRRLTVSKMARACVSHTEDQAAREKREKDRAERKRIQEGAAA
APDGGGGKSAESKEAEAEKAA
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mRNA from alignment at Ecto-sp13_S_contig11680:89..2471-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1 ID=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=mRNA|length=2383bp|location=Sequence derived from alignment at Ecto-sp13_S_contig11680:89..2471- (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
CTTGAGTTCACCAACTTCCACAGAGGACGGCGGCTGACGGTCTCCAAGAT
GGCTCGCGCGTGCGTGTCCCACACGGAGGACCAGGCCGCCCGCGAGAAGA
GAGAGAAGGACAGGGCGGAGCGGAAGCGGATACAGGTGGATGGGGGGATT
GGCGACTGCTGTCACGTGTTCCGTTTAGGGAGAGTGAAAGGATTGAAAAG
GCAACGTTATCTGGTTTTATGTTATCTGGTTTTATCGTTTTTGGAACGTG
AAAGATGCCCTCATGAGGCTCGAAACCTCAGCGGTTTTTCTCTGGTTAGG
AATGCGAAGGATTTTCGAGTTCGGAACGTGACTGACAGGGCAGAGTGGTA
GTGCACTACCTCTTGTGCTGTACTTTGCCAGGAAGCTAGCTGTGTCGGGT
ATGCCCTTGGCGTGTCATGCTTTTTTCTTGTGGGGTGCTCGAGAAAGGGA
AGAAGAGGCCGGAGCATGGGCGGGCGGGATGCAGCTGCAAGCCGCTTTTG
ACGCCCCCTCGCCAGAGGCTTGCTCGTAGAATCGACAGAGAAAGCTTCTC
TTTGACCCGGCCTACTTGATCTTCATGAACGTGTCAACTTGCCTGGTTCT
GATTCTGGTTTGCTGGTTCCGACCTCCTTTTTTGCTTTGTCTCGTCTCGG
GCAGGCTTTGCGCATGAACGACATCGATGCGTACACCAAGCTGGTGGAGG
AAACCAAGAGCGAGAGACTCAAGTGAGAAATAGCAGCAGCTATGTGGCAG
TGCGTTAAGGGTTGTACAGTACACTTTTTTTGAGTGTGGTACTGCTGTGT
GGGGTTCGTCAGCTCTAGTACCTACTTTGAAGCTTTTCAGCTCTCCCGGG
CGGGGGGGCAGAAAGTTGTGAACGCGCACGTGAACGAGCAGGGTTGGTCA
AGGCTGTACTCATCGCTCTTGTTGCCTTGTGAACGCACGCGTGATTGACG
AAGCTTGCTCATGGCTGTACAGCCCTTGGGATGTCCGGCGGCAGAGCGAA
AGACGCTGAGGATCGGGGAATGGGGAGTGGCGAAATGCGCTCGTTGTTGC
TTGCTCCCGGCACGGCACGTGTATGGTGTCCACAGTAATGCTTGAGCCGA
GATTTTCCGGCCGACAAACATGACTGCAAAGACTGCCCCGAGGGCTGCGT
CTTGAAAATGTCCTTATCGTCTAGAGGGGGAGCTCTGTCGGAGAGACGGT
GTTCACGCCTTCGGGTGTTAGTGCATCCTCCTTTTTGTGAGGGATGTGGG
ATTTGGGGGGGGTTATGTCCAGGGGTTACTAACACCTTCGTCGTGTGGCG
TGGTGCGTCCAAGTCTATCTCCGTGTTCCGTGGCGCCGGTCCAACAAACA
TACTATGTGGGGTCGTGGTTATTGCTTGGTGCCTCTGGTGCTTGGTGTCC
GAATGAAGGGCGGCAGACTGTACACATGTTGAAAACTGACTGACATCAAG
ATCAATCCCAACGCCCCCCCCAAAACGACTTTCGTCTTACGAATAATACA
CACAACCACAGAAAGACTACCCATTCGAGAAATAATCTTAGTCAGTCGAA
GGGTATGTGTTGAAGTCCCTCCAGCAGTAGTGAGTGAAGGGAAAACCGGC
TGGAAACTGGCCTTATTTTGGCTATATTTCAAGCATGAACACTGACGATT
TATACCAGTGATACCAGCTGGTGCTCAACACAAAACGCTTCTTTTTTTTT
TTGGGCGGCGGAATAGGTACCTGTTGGGGCAGACGGACCAGTACATCCGC
GAGATCGGCCACAAAATCCAGGAGCAGAGGGAGGAGGGGGAGGCAAGGAG
GGGGCAAGGGGAGAGCGGTGAGGGCTCTACTGCTGCCGCTGCCGCTGGTG
CTTCAACTGCTGCTGCTGCTAGTGCTGGCGAAGCTACCGTGGCGAAGGAT
GGGAGGTTGGTGCTGTTGTCGTTGTCGTTGTCGTTGTTGTTGTTGTTGCT
GTTGTTGTTGTTGTTGTTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTTGT
TGTTGGTGTCGATGTTGTTCTTTGTGTGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTG
TTGGTATTGTTGTTGCTGCTGTTGTTGTTGGTATTGTTGGTGTTGTTGTT
GGTGTTGTTGGTGTCGCTGGTGTCGATGTTGGTCTTTGTGTGGTTGTTGT
GTCCAACTTGGAAGGCAATTCCGAGAAACTACGTTCATCATGATCAAATG
CATACGACCTTCCTTGGGCATCTTCGACTTGCCACCGGTACCATTTTCAA
GCATGCGACCCCCCCTCCCACTTGTTTTTCACTGATTCGTCTCGAAAGTA
GCGAGGAAGGAGCAGCGGCTGCGCCCGATGGTGGCGGCGGCAAGTCGGCA
GAGTCAAAGGAGGCGGAAGCTGAAAAGGCCGCA
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Coding sequence (CDS) from alignment at Ecto-sp13_S_contig11680:89..2471-

>mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1 ID=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig11680.1461.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=CDS|length=213bp|location=Sequence derived from alignment at Ecto-sp13_S_contig11680:89..2471- (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
CTTGAGTTCACCAACTTCCACAGAGGACGGCGGCTGACGGTCTCCAAGAT
GGCTCGCGCGTGCGTGTCCCACACGGAGGACCAGGCCGCCCGCGAGAAGA
GAGAGAAGGACAGGGCGGAGCGGAAGCGGATACAGGAAGGAGCAGCGGCT
GCGCCCGATGGTGGCGGCGGCAAGTCGGCAGAGTCAAAGGAGGCGGAAGC
TGAAAAGGCCGCA
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