mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1 (mRNA) Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79

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Overview
NamemRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1
Unique NamemRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1
TypemRNA
OrganismDiscosporangium mesarthrocarpum MT17_79 (Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79)
Homology
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
D-mesarthrocarpus_Contig10807contigD-mesarthrocarpus_Contig10807:104..271 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef902022-09-19
Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79 OGS1.02022-07-08
Properties
Property NameValue
Stop0
Start1
Seed ortholog2880.D7FRT4
Preferred nameNUP62
PFAMsNsp1_C,Nucleoporin_FG
Model size168
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K09585,ko:K14306
KEGG TC1.I.1
KEGG Pathwayko03013,map03013
KEGG ModuleM00427
Hectar predicted targeting categoryno signal peptide or anchor
GOsGO:0000003,GO:0000054,GO:0000055,GO:0000056,GO:0000070,GO:0000132,GO:0000226,GO:0000278,GO:0000280,GO:0000785,GO:0000819,GO:0000922,GO:0001932,GO:0001933,GO:0003006,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003682,GO:0005102,GO:0005198,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005543,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005642,GO:0005643,GO:0005694,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005815,GO:0005819,GO:0005856,GO:0006139,GO:0006351,GO:0006355,GO:0006403,GO:0006405,GO:0006406,GO:0006409,GO:0006469,GO:0006606,GO:0006607,GO:0006611,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006886,GO:0006913,GO:0006928,GO:0006996,GO:0006997,GO:0007010,GO:0007017,GO:0007049,GO:0007059,GO:0007080,GO:0007088,GO:0007098,GO:0007100,GO:0007154,GO:0007163,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007292,GO:0007346,GO:0007568,GO:0007569,GO:0008092,GO:0008104,GO:0008134,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008219,GO:0008285,GO:0008289,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009719,GO:0009725,GO:0009755,GO:0009790,GO:0009792,GO:0009889,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009968,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010389,GO:0010467,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010563,GO:0010564,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010638,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010648,GO:0010824,GO:0010825,GO:0010941,GO:0012505,GO:0015031,GO:0015630,GO:0015833,GO:0015931,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016032,GO:0016043,GO:0016070,GO:0016477,GO:0016973,GO:0017038,GO:0017056,GO:0018130,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019438,GO:0019894,GO:0019904,GO:0019953,GO:0022402,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022607,GO:0022613,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0023057,GO:0030010,GO:0030154,GO:0030159,GO:0030496,GO:0030544,GO:0030717,GO:0031023,GO:0031072,GO:0031090,GO:0031224,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031328,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031490,GO:0031503,GO:0031965,GO:0031967,GO:0031974,GO:0031975,GO:0031981,GO:0032182,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032386,GO:0032465,GO:0032467,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032535,GO:0032774,GO:0032870,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032886,GO:0032947,GO:0032954,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033157,GO:0033365,GO:0033673,GO:0033750,GO:0034399,GO:0034504,GO:0034613,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034654,GO:0035257,GO:0040001,GO:0040011,GO:0042058,GO:0042059,GO:0042127,GO:0042169,GO:0042175,GO:0042221,GO:0042254,GO:0042306,GO:0042325,GO:0042326,GO:0042886,GO:0042981,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043086,GO:0043122,GO:0043123,GO:0043130,GO:0043167,GO:0043168,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043405,GO:0043407,GO:0043408,GO:0043409,GO:0043549,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044089,GO:0044092,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044271,GO:0044403,GO:0044419,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044430,GO:0044446,GO:0044464,GO:0044613,GO:0044615,GO:0044703,GO:0045184,GO:0045742,GO:0045787,GO:0045840,GO:0045859,GO:0045893,GO:0045931,GO:0045935,GO:0045936,GO:0046483,GO:0046578,GO:0046580,GO:0046599,GO:0046601,GO:0046605,GO:0046607,GO:0046822,GO:0046907,GO:0046966,GO:0048232,GO:0048285,GO:0048468,GO:0048477,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048609,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048870,GO:0050000,GO:0050657,GO:0050658,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050794,GO:0050896,GO:0051028,GO:0051031,GO:0051049,GO:0051056,GO:0051058,GO:0051128,GO:0051130,GO:0051168,GO:0051169,GO:0051170,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051223,GO:0051234,GO:0051236,GO:0051246,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051254,GO:0051259,GO:0051276,GO:0051291,GO:0051293,GO:0051294,GO:0051299,GO:0051302,GO:0051303,GO:0051310,GO:0051321,GO:0051338,GO:0051348,GO:0051425,GO:0051427,GO:0051493,GO:0051495,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051649,GO:0051653,GO:0051656,GO:0051674,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051781,GO:0051783,GO:0051785,GO:0051879,GO:0060236,GO:0060255,GO:0060341,GO:0060548,GO:0061982,GO:0061988,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070192,GO:0070201,GO:0070206,GO:0070208,GO:0070507,GO:0070727,GO:0070887,GO:0070925,GO:0071166,GO:0071310,GO:0071426,GO:0071427,GO:0071428,GO:0071431,GO:0071495,GO:0071702,GO:0071704,GO:0071705,GO:0071840,GO:0071900,GO:0071901,GO:0072594,GO:0072686,GO:0080090,GO:0090066,GO:0090068,GO:0090087,GO:0090224,GO:0090304,GO:0090543,GO:0097064,GO:0097159,GO:0097240,GO:0097298,GO:0097659,GO:0098534,GO:0098589,GO:0098805,GO:0098813,GO:0140014,GO:1900180,GO:1901184,GO:1901185,GO:1901186,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901363,GO:1901576,GO:1901987,GO:1901990,GO:1902115,GO:1902117,GO:1902412,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902533,GO:1902680,GO:1902749,GO:1902850,GO:1903046,GO:1903047,GO:1903436,GO:1903438,GO:1903490,GO:1903506,GO:1903508,GO:1903827,GO:1903829,GO:1904589,GO:1904779,GO:1904781,GO:1990904,GO:2000112,GO:2001141
Exons1
Evalue2.29e-07
EggNOG OGsKOG2196@1|root,KOG2196@2759|Eukaryota
EC5.3.4.1
Descriptionstructural constituent of nuclear pore
Cds size165
COG categoryS
BRITEko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko03019,ko03110,ko04131
Relationships

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
1680789214.5977464-CDS-D-mesarthrocarpus_Contig10807:103..2681680789214.5977464-CDS-D-mesarthrocarpus_Contig10807:103..268Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79CDSD-mesarthrocarpus_Contig10807 104..268 -


The following UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
1680789214.6118937-UTR-D-mesarthrocarpus_Contig10807:268..2711680789214.6118937-UTR-D-mesarthrocarpus_Contig10807:268..271Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79UTRD-mesarthrocarpus_Contig10807 269..271 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1prot_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79polypeptideD-mesarthrocarpus_Contig10807 104..268 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1

>prot_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1 ID=prot_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1|Name=mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1|organism=Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79|type=polypeptide|length=55bp
MFEATRNLAPDEADQEREETYQLAQDVDAQLAGMVGALKDLVDQVNGPSS
VAGGG
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mRNA from alignment at D-mesarthrocarpus_Contig10807:104..271-

Legend: UTRCDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1 ID=mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1|Name=mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1|organism=Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79|type=mRNA|length=168bp|location=Sequence derived from alignment at D-mesarthrocarpus_Contig10807:104..271- (Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79)
CGCATGTTTGAGGCCACCCGCAACCTCGCCCCAGATGAGGCCGACCAGGA
GAGGGAGGAGACCTACCAGCTGGCCCAGGACGTCGATGCCCAGCTTGCGG
GCATGGTGGGCGCCCTCAAGGACCTGGTGGATCAGGTCAATGGCCCCTCC
TCCGTGGCAGGTGGTGGC
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Coding sequence (CDS) from alignment at D-mesarthrocarpus_Contig10807:104..271-

>mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1 ID=mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1|Name=mRNA_D-mesarthrocarpus_Contig10807.1.1|organism=Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79|type=CDS|length=165bp|location=Sequence derived from alignment at D-mesarthrocarpus_Contig10807:104..271- (Discosporangium mesarthrocarpum MT17_79)
ATGTTTGAGGCCACCCGCAACCTCGCCCCAGATGAGGCCGACCAGGAGAG
GGAGGAGACCTACCAGCTGGCCCAGGACGTCGATGCCCAGCTTGCGGGCA
TGGTGGGCGCCCTCAAGGACCTGGTGGATCAGGTCAATGGCCCCTCCTCC
GTGGCAGGTGGTGGC
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