mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1 (mRNA) Choristocarpus tenellus KU2346

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Overview
NamemRNA_C-tenellus_contig11567.2.1
Unique NamemRNA_C-tenellus_contig11567.2.1
TypemRNA
OrganismChoristocarpus tenellus KU2346 (Choristocarpus tenellus KU2346)
Homology
[Close]
BLAST of mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1 vs. uniprot
Match: D7FXQ6_ECTSI (Uncharacterized protein n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D7FXQ6_ECTSI)

HSP 1 Score: 67.4 bits (163), Expect = 9.610e-9
Identity = 36/62 (58.06%), Postives = 47/62 (75.81%), Query Frame = 1 
Query:  208 EDDEVDLPPEVMKRLYHLKALQEERNAAYEAYKEERVALERRYSEVYSSIYAKRANVVNGRS 393
            ED+EV+LPPEVMKRLY LKALQ E++  Y  YK +R  LE  +++ Y +IY++RA VV GRS
Sbjct:  114 EDNEVELPPEVMKRLYELKALQSEKDVIYGKYKAKRAELEMEFAKEYGAIYSRRAEVVAGRS 175
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
D7FXQ6_ECTSI9.610e-958.06Uncharacterized protein n=1 Tax=Ectocarpus silicul... [more]
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
C-tenellus_contig11567contigC-tenellus_contig11567:2363..5189 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef902022-09-19
Choristocarpus tenellus KU2346 OGS1.02022-07-08
Properties
Property NameValue
Stop1
Start1
Seed ortholog2880.D7FXQ6
Preferred nameNAP1L1
PFAMsNAP
Model size1060
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG rclassRC00055,RC00523
KEGG koko:K01890,ko:K10357,ko:K11279,ko:K11280,ko:K11281,ko:K11282,ko:K11283,ko:K11290,ko:K11405
KEGG ReactionR03660
KEGG Pathwayko00970,ko05034,ko05165,ko05203,map00970,map05034,map05165,map05203
KEGG ModuleM00359,M00360
Hectar predicted targeting categoryother localisation
GOsGO:0000003,GO:0000228,GO:0000723,GO:0000785,GO:0000790,GO:0002376,GO:0002520,GO:0003006,GO:0003008,GO:0003674,GO:0003682,GO:0005488,GO:0005496,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005694,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005933,GO:0005935,GO:0005938,GO:0005940,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006323,GO:0006325,GO:0006333,GO:0006334,GO:0006336,GO:0006337,GO:0006338,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006606,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006886,GO:0006913,GO:0006996,GO:0006997,GO:0007114,GO:0007117,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007286,GO:0007289,GO:0007338,GO:0007399,GO:0007610,GO:0007611,GO:0007613,GO:0007617,GO:0007618,GO:0007619,GO:0008047,GO:0008049,GO:0008104,GO:0008134,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008283,GO:0008284,GO:0008289,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009566,GO:0009719,GO:0009725,GO:0009790,GO:0009889,GO:0009891,GO:0009893,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010243,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010604,GO:0010628,GO:0010638,GO:0010720,GO:0014009,GO:0014010,GO:0015031,GO:0015485,GO:0015833,GO:0016006,GO:0016043,GO:0017038,GO:0019098,GO:0019219,GO:0019222,GO:0019899,GO:0019900,GO:0019953,GO:0019954,GO:0022008,GO:0022411,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022607,GO:0030097,GO:0030154,GO:0030234,GO:0030332,GO:0030425,GO:0030427,GO:0030447,GO:0030448,GO:0031056,GO:0031058,GO:0031110,GO:0031112,GO:0031113,GO:0031116,GO:0031323,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031328,GO:0031334,GO:0031399,GO:0031401,GO:0031491,GO:0031497,GO:0031498,GO:0031974,GO:0031981,GO:0032156,GO:0032168,GO:0032200,GO:0032268,GO:0032270,GO:0032271,GO:0032273,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032505,GO:0032784,GO:0032786,GO:0032870,GO:0032886,GO:0032934,GO:0032968,GO:0032984,GO:0032986,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033044,GO:0033365,GO:0034243,GO:0034504,GO:0034613,GO:0034622,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034724,GO:0034728,GO:0035039,GO:0035041,GO:0035065,GO:0035066,GO:0035092,GO:0035162,GO:0036094,GO:0036477,GO:0040007,GO:0042063,GO:0042127,GO:0042221,GO:0042393,GO:0042592,GO:0042802,GO:0042886,GO:0042995,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043085,GO:0043170,GO:0043178,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043254,GO:0043434,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044089,GO:0044093,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044297,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044430,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044448,GO:0044454,GO:0044463,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044877,GO:0045184,GO:0045595,GO:0045597,GO:0045664,GO:0045666,GO:0045893,GO:0045935,GO:0045944,GO:0046483,GO:0046907,GO:0048232,GO:0048468,GO:0048513,GO:0048515,GO:0048518,GO:0048522,GO:0048534,GO:0048568,GO:0048609,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048856,GO:0048869,GO:0050767,GO:0050769,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050877,GO:0050890,GO:0050896,GO:0051082,GO:0051094,GO:0051128,GO:0051130,GO:0051169,GO:0051170,GO:0051171,GO:0051173,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051252,GO:0051254,GO:0051259,GO:0051260,GO:0051276,GO:0051301,GO:0051302,GO:0051493,GO:0051495,GO:0051641,GO:0051649,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051960,GO:0051962,GO:0060179,GO:0060215,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060284,GO:0065003,GO:0065004,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070507,GO:0070727,GO:0070887,GO:0070925,GO:0071103,GO:0071310,GO:0071375,GO:0071417,GO:0071440,GO:0071442,GO:0071495,GO:0071702,GO:0071704,GO:0071705,GO:0071824,GO:0071840,GO:0071944,GO:0072594,GO:0080090,GO:0090304,GO:0097159,GO:0097447,GO:0097458,GO:0098772,GO:0099568,GO:0120025,GO:0120038,GO:1901360,GO:1901576,GO:1901652,GO:1901653,GO:1901698,GO:1901699,GO:1901700,GO:1901701,GO:1901983,GO:1901985,GO:1902275,GO:1902680,GO:1902903,GO:1902905,GO:1903506,GO:1903508,GO:1905269,GO:2000026,GO:2000035,GO:2000112,GO:2000615,GO:2000617,GO:2000756,GO:2000758,GO:2001141,GO:2001252
Exons4
Evalue9.3e-06
EggNOG OGsKOG1507@1|root,KOG1507@2759|Eukaryota
Ec32 ortholog descriptionNucleosome assembly protein (NAP)
Ec32 orthologEc-28_001750.1
EC3.5.1.98,6.1.1.20
DescriptionBelongs to the nucleosome assembly protein (NAP) family
Cds size282
COG categoryZ
BRITEko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko01007,ko03016,ko03019,ko03029,ko03036,ko04131,ko04812
Relationships

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1prot_C-tenellus_contig11567.2.1Choristocarpus tenellus KU2346polypeptideC-tenellus_contig11567 3338..4651 +


The following UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
1680789183.9524715-UTR-C-tenellus_contig11567:2362..23871680789183.9524715-UTR-C-tenellus_contig11567:2362..2387Choristocarpus tenellus KU2346UTRC-tenellus_contig11567 2363..2387 +
1680789183.9689593-UTR-C-tenellus_contig11567:2807..29861680789183.9689593-UTR-C-tenellus_contig11567:2807..2986Choristocarpus tenellus KU2346UTRC-tenellus_contig11567 2808..2986 +
1680789183.9779043-UTR-C-tenellus_contig11567:3301..33371680789183.9779043-UTR-C-tenellus_contig11567:3301..3337Choristocarpus tenellus KU2346UTRC-tenellus_contig11567 3302..3337 +
1680789184.0039575-UTR-C-tenellus_contig11567:4651..51891680789184.0039575-UTR-C-tenellus_contig11567:4651..5189Choristocarpus tenellus KU2346UTRC-tenellus_contig11567 4652..5189 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
1680789183.9869294-CDS-C-tenellus_contig11567:3337..33851680789183.9869294-CDS-C-tenellus_contig11567:3337..3385Choristocarpus tenellus KU2346CDSC-tenellus_contig11567 3338..3385 +
1680789183.9957063-CDS-C-tenellus_contig11567:4417..46511680789183.9957063-CDS-C-tenellus_contig11567:4417..4651Choristocarpus tenellus KU2346CDSC-tenellus_contig11567 4418..4651 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1

>prot_C-tenellus_contig11567.2.1 ID=prot_C-tenellus_contig11567.2.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=polypeptide|length=94bp
MKRLYHLKALQEERNAAYEAYKEERVALERRYSEVYSSIYAKRANVVNGR
SSSASVSDGAGAGAGAAGGGDGGDGAVTGAATAGGESDEWVLS*
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mRNA from alignment at C-tenellus_contig11567:2363..5189+

Legend: UTRpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1 ID=mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=mRNA|length=2827bp|location=Sequence derived from alignment at C-tenellus_contig11567:2363..5189+ (Choristocarpus tenellus KU2346)
TCTTCTGGAGGTGCTGGAGATTATGGTGAGGTTTTTGGCCCTAACTATAT
GTGTATGCGTACATACATACCCTCTCCCCTTCCTGCCCATGCGCTTGTGT
GAAGAAGGCAAAGTAACACATGCACTTGTGATGTGACAATCACAACACCT
TCTATATTTTGTTCCAAGTTTTTTGTTTGTTCTTCAATGAATATGCTTGG
AGTATCTAGTTGATGGCTCCTCATGCACTAGGTTCAAGCGGGTCACCTTG
TTTGAATATCCTTTAATTTGATGTGCTCTTCTCTTTCCACCCCAAACCTA
CTCTTGTCGATTGTGTGTGATCTTCCCCATGTGCCGAACCTTAGCACTTG
GTCTCTGTTTATGCATCACCACGTCTGTTGATGAGTGACCCTTGCCCTCC
CTCTCTCCCTCCCCCTCTCTTGAATCCCCTTATCCCTCATTGGAGACCAC
AACTTGCGAGTAGAAGAAGCCCGTTCACAGGAGGAGCAGGAGACCGAGGC
TGATGATGATACATCGTCAGCAGACAACTCTGTCCTACGTGCATCTCTCA
GAGCTGCCGGCATAGGTTTAGAGGAAGAGGAGGAAGATGTGATTGACCTA
GGCGTGGAGGACGAGGAAGATGAGGTAAAACACAACCTGACATTTACAAC
AACTTTTATGATGTTGTAACAGCACATATATATATATATATAGTCTACTA
CTTTGGTAGGAGAAATATGAGTTCATTCCTTTGCTCTATTTTAATGGTGA
TTAGGGGGGTGGGGGGGATACCGTATGCCACGATGACCAGCTCCGTATTG
AATTGTTAGCGATGTGTACATATATAAATGATGTTTCACCTCTCAAGTTT
TGTTTTTATTTTTCTTGTCAAATAGAGCGCCGTGCTTCATCCCACTCGAA
CTAACTTCAAGCAAAATTTGATTTTTTTTTGTAATGGAGCTGGAGGATGA
TGAGGTAGATCTTCCTCCTGAGGTGATGAAACGGCTGTACCATCTCAAGG
CCCTGCAGGAGGAAAGGAATGCGGTGAGAGGGAGAAAGGGGGAGGGGGGT
GAGGGTTGAGGGGTTCTTTTGGTTTGTGCTGCTAGTTGTTGTTGGCTGTA
GAGTGGGGATGGTGCAGGTGGGATATGAGGTGAAGGTCTTGACCATTTGT
TGTATGAAAAATGTGCAAATATGTGGTTGTATTGAAGGTTGGAGGGCAGT
GGAAGTGATGGAGTAATAGATGTATACAACAGAATCATTATGACTTATAT
AATAATAGTAACATTCGTGGACCTTTTTTTTTCAACCCCTGCTTGAAGCG
CTCTACTGAGTGTGCTTTTATCATTTTATATTTTGTGTGTAAACTGTAGA
TATGCACAATTATGTGCTTGTGGTGTACACTACTAATTTGTGCTGTGATA
ATAGGTAGCACGATCTCAAAAGGTGTCATTTTGTTTTTTTAGGATAGTTT
AGTGTAACAGGTCTTTATATTTTTTTGAGTCAATCACTGTCATTTGTTGG
CTTTGCTCGCACAATTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTG
ATATATTTTTTCATGAGAACATGTGGATAAAGGTATGGTGCCGTTGTTTG
ATGTCTTTGCTGTCCTGCTTAAACATCCGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GGTAATTGTTGTGTATGCCAGCCTGTCTGATATATGCATTCTTAGAAATG
GTGGAGGGAGGTAAAGCCACATTGGTACTGTGTAATACATTTCAATACGG
CAAGACATTGGCTACATCTGGATCGAAATATTATTTTACATTTATGTAAT
CAACTGTTCAGAGGAGGTACTTTGTATATTATTTTATTTCAACTACGTAG
GAAGTAGTACAGTAACAGATTGAACAAGTATGAATCAGTGGTATCGATAG
TACTAATGACCCGTGTCGTTGGGTTGCTTGTATGTTATACACGGTGAAGA
CGTTCTGTCCCTGCGCAACTCCGTCCTATCCCCTTCTGTGTATGTATCTC
TCTCATACGCTGTTAAAATCGATGTATCTATTTTACCACTGTATTATGTG
GGAAGGCGTATGAGGCATACAAGGAGGAGAGGGTGGCCTTGGAAAGGCGG
TACTCGGAGGTGTACTCAAGCATATACGCCAAGAGAGCAAATGTTGTTAA
TGGGCGCTCTTCCTCAGCCTCTGTTAGTGACGGTGCTGGCGCTGGTGCTG
GTGCTGCTGGAGGGGGTGACGGTGGTGATGGCGCTGTTACGGGCGCAGCC
ACCGCAGGGGGTGAGAGTGATGAATGGGTGCTGAGCTGAAATTGAAATTG
GAAGTGTAGCTGCGATGCAACAAGGGAGTATGCGTGACTTGGGTTAGGGT
GCACGTTGCTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTGTCGGATTGATTAATTGGTTG
GGTTGTGTAGGTTATGTTTGTGTGCAGCGCGTAACATGGCTCGGTCTCAA
GTGACTGCAGCACAGCGTCCAAGAGAGGGGGAAAAGGTGCATTGGGTGAA
GATGACGATGGGGGGCTGGCTATATGCTGGTGCTGGCGGCGGGGATGAGT
TTGATTTCTGGGAGTCAGTAATTTTTTTTGTTTGTTCTTTTTTGTTGTGT
TAACTATTTTCATACGAAAATAGTTAGAAGATGAGTAGATAGCGAGGAGG
GTATGGCCAATGTTTAGGTATGTCGACTCTTCCATAACATTGCCGTGATA
CTTGTTTGTGGTGTTTTCACTACAGGTGCGCTCACCTTTCGCGATTTGAT
TTATCGGTAAGATGCACAATACGAGGCAGCTGTTATTGGCAGATTTGAGG
TGTTTAGTGTATGGTAGCTTTCGTTTG
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Coding sequence (CDS) from alignment at C-tenellus_contig11567:2363..5189+

>mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1 ID=mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig11567.2.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=CDS|length=282bp|location=Sequence derived from alignment at C-tenellus_contig11567:2363..5189+ (Choristocarpus tenellus KU2346)
ATGAAACGGCTGTACCATCTCAAGGCCCTGCAGGAGGAAAGGAATGCGGC
GTATGAGGCATACAAGGAGGAGAGGGTGGCCTTGGAAAGGCGGTACTCGG
AGGTGTACTCAAGCATATACGCCAAGAGAGCAAATGTTGTTAATGGGCGC
TCTTCCTCAGCCTCTGTTAGTGACGGTGCTGGCGCTGGTGCTGGTGCTGC
TGGAGGGGGTGACGGTGGTGATGGCGCTGTTACGGGCGCAGCCACCGCAG
GGGGTGAGAGTGATGAATGGGTGCTGAGCTGA
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